【豆科基因组】绿豆Mungbean, Vigna radiata基因组2014NC
目录 来源 一、简介 二、结果 基因组组装 重复序列和转座子 基因组特征和基因注释 绿豆的驯化 豆科基因组复制历史 基于转录组分析的豇豆属形成 绿豆育种基因组资源 ......![]()
【豆科基因组】小豆（红豆）adzuki bean, Vigna angularis基因组2015
目录 一、来源 研究一：Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二：Genome sequencing of adzuki bean (Vigna angularis) provides insight i ......![]()
【豆科基因组】大豆(Soybean, Glycine max)泛基因组2020Cell
目录 一、前沿概述 二、主要结果 重测序、组装与注释 泛基因组 SV特征 PAV与古多倍化，WGD事件 基因SV与基因融合 SV与大豆驯化 SV影响基因表达及其与性状关联 一、前 ......![]()
【豆科基因组】豇豆Cowpea，Vigna unguiculata [L.] Walp.基因组2019PJ
目录 来源 结果 基因组大小估计 采用stitching方法组装 修改豇豆染色体编号 基因注释和重复DNA 豇豆遗传多样性 SNP和INDEL Vu03 上 4.2-Mb 染色体倒位的鉴定 与 ......![]()
短序列组装Sequence Assembly（转载）
转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_4af3f0d20100fq5i.html 短序列组装（Sequence assembly）几乎是近年来next-generation sequencing最热门的话题。简单来说，就 ......![]()
【豆科基因组】大豆适应性位点GWAS分析 [转载]
目录 材料与方法 结果分析 本文利用99085个高质量SNP 通过STRUCTURE，PCA和neighbour-joining tree的群体结构分析将地方品种分为三个亚群，这些亚群表现出地理上 ......![]()
GWAS与GS模型介绍与比较
目录 1.GWAS模型 1.1卡方检验 1.2 相关性系数的t检验 1.3 一般线性模型GLM 1.4 混合线性模型MLM 1.5 压缩混合线性模型CMLM 1.6 SUPER 1.7 FarmCPU 1.8 Blink 2.G ......![]()
【百奥云GS专栏】全基因组选择之模型篇
目录 1. 前言 2. BLUP方法 ABLUP GBLUP ssGBLUP RRBLUP 3. 贝叶斯方法 BayesA BayesB BayesC/Cπ/Dπ Bayesian Lasso 4. 机器学习 支持向量机 集成学习 深度学习 5 ......![]()
利用plink软件基于LD信息过滤SNP
最近有需求，对WGS测序获得SNP信息进行筛减，可问题是测序个体少，call rate，maf，hwe，等条件过滤后，snp数量还是千万级别，所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大 ......![]()
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