【豆科基因组】大豆(Soybean, Glycine max)泛基因组2020Cell
目录 一、前沿概述 二、主要结果 重测序、组装与注释 泛基因组 SV特征 PAV与古多倍化，WGD事件 基因SV与基因融合 SV与大豆驯化 SV影响基因表达及其与性状关联 一、前 ......![]()
【豆科基因组】大豆适应性位点GWAS分析 [转载]
目录 材料与方法 结果分析 本文利用99085个高质量SNP 通过STRUCTURE，PCA和neighbour-joining tree的群体结构分析将地方品种分为三个亚群，这些亚群表现出地理上 ......![]()
GWAS与GS模型介绍与比较
目录 1.GWAS模型 1.1卡方检验 1.2 相关性系数的t检验 1.3 一般线性模型GLM 1.4 混合线性模型MLM 1.5 压缩混合线性模型CMLM 1.6 SUPER 1.7 FarmCPU 1.8 Blink 2.G ......![]()
【百奥云GS专栏】全基因组选择之模型篇
目录 1. 前言 2. BLUP方法 ABLUP GBLUP ssGBLUP RRBLUP 3. 贝叶斯方法 BayesA BayesB BayesC/Cπ/Dπ Bayesian Lasso 4. 机器学习 支持向量机 集成学习 深度学习 5 ......![]()
【GS文献】从家畜到植物，通过基因组选择提高遗传增益
目录 说明 1.前言 2.植物GS瓶颈 3.提高GS预测的准确性 4.GS与现代育种技术结合 5.GS开源育种网络 说明 Enhancing Genetic Gain through Genomic Selection: Fro ......![]()
【GS基础】植物基因组选择研究人员及数量遗传学发展一览
目录 1.GS研究 2.数量遗传发展 GS应用主要在国外大型动物和种企，国内仍以学术为主。近期整理相关学术文献，了解到一些相关研究人员，记录下备忘查询，但不可能全面。 ......![]()
混合（Pooling）样本测序研究
目录 1.混合测序基础 2. 点突变检测 3. BSA 4. BSR 5. 混合样本GWAS分析 6. 混合样本驯化研究 7. 小结 1.混合测序基础 测序成本虽然下降了，但对于植物育种应用 ......![]()
GWAS初探
GWAS 的主要方法学依据是归纳法中的共变法，是探究复杂因果关系最主要的科学思维和方法。所谓共变法，是通过考察被研究现象发生变化的若干场合中，确定是否只有一个 ......![]()
R包customLayout比例拼图
一个简单的需求： 拼接两个图，一行两列，但不要一样大，让主图占的比例大些（如2/3），另一个图小一些（如1/3） 如上，我想突出曼哈顿图。 R相关的拼图函数及包： 基础函数 ......![]()
如何查看显著性SNP在数据中的频率？
我们做完GWAS的关联分析后需要查看显著性SNP在我们数据中的频率分布情况。这时候我们需要用到plink和我们做关系分析所用的二进制文件datas. 第一步，我们用R语言 ......![]()
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