Bedtools genomecov 计算覆盖度
简单说明： 从2.28.0版开始，bedtools使用htslib库支持CRAM格式 除了BAM文件，bedtools默认所有的输入文件都以TAB键分割 除非使用-sorted选项，bedtools默认不支持大 ......![]()
【Plink】Error: Multiple instances of '_' in sample ID.？
目录 前言 原因 解决方法 方法一：修改样本名 方法二：修改--id-delim 方法三：加入--double_id或--const-fid参数 前言 将vcf转化为plink格式时，命令如下： plink - ......plink 进行PCA分析
当我们进行群体遗传分析时，得到vcf后，可利用plink进行主成分（PCA）分析； 1 conda install plink 第一步：将vcf转换为plink格式 1 plink --vcf F_M_trans.reco ......![]()
利用plink软件基于LD信息过滤SNP
最近有需求，对WGS测序获得SNP信息进行筛减，可问题是测序个体少，call rate，maf，hwe，等条件过滤后，snp数量还是千万级别，所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大 ......![]()
python-django-请求响应对象
用户请求终端的信息： 包括使用的ip地址，浏览器类型等 cookie： 测试测试； def print_request(request): print(request) print("!!!!!!!!!!!!!!!!") ......![]()
如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位点？
目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求： 我有一批功能基因位点，想从重测序的群体材料中找到这些位点，如何批量快速获得？ 示例文件 gene ......![]()
Ubuntu压缩和解压缩
1.常用的压缩格式 tar tar.bz2 tar.gz 2.gzip压缩 gzip xxx //压缩 gzip -d xxx.gz //解压缩 gzip对文件夹的压缩 gzip -r xxx //文件夹压缩 gzip ......bcftools 提取vcf（snp/indel）文件子集
做群体变异检测后，通常会有提取子集的操作，之前没有发现bcftools有这个功能，都是自己写脚本操作，数据量一上来，速度真的是让人无语凝噎。这里记录下提取子vcf文件 ......sed 's/AA/BB/' file 将文件中的AA替换成BB，只替换一行中第一次出现的AA，替换后的结果输出到屏幕 sed 's/AA/BB/g' file 将文件中的所有AA都替换成BB，替换后的结果输出到屏幕
生信人的自我修养：Linux命令速查手册 简佐义 四川大学 生物信息学硕士 科学求真 赢 10 万奖金 · 院士面对面 209 人赞同了该文章 许 ......![]()
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