如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位点？
目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求： 我有一批功能基因位点，想从重测序的群体材料中找到这些位点，如何批量快速获得？ 示例文件 gene ......![]()
bcftools 提取vcf（snp/indel）文件子集
做群体变异检测后，通常会有提取子集的操作，之前没有发现bcftools有这个功能，都是自己写脚本操作，数据量一上来，速度真的是让人无语凝噎。这里记录下提取子vcf文件 ......【Workflows】 WGS/WES Mapping to Variant Calls
htslib官网上给的一个WGS/WES的流程。关于htslib、samtools和bcftools之间的关系，可以在sanger官网查看其解释： HTSlib is a software library for manipulating va ......SNP 过滤（二）
本文转载于https://www.jianshu.com/p/e6d5dd774c6e SNP过滤有两种情况，一种是仅根据位点质量信息（测序深度，回帖质量等）对SNP进行粗过滤。如果使用GATK对重测序 ......BSA分析
目录 两种算法 1. 欧氏距离（ED）算法 2. SNP-index算法 实操 1. 上游分析 2. 下游分析 两种算法 1. 欧氏距离（ED）算法 mut与wt分别代表突变型混池、野生型混池，A、 ......![]()
samtools+bcftools 进行SNP calling
两个软件的作用：1.samtools mpileup 主要是用于收集BAM文件中的信息，这个位点上有多少条read匹配，匹配read的碱基是什么，并将这些信息存储在BCF文件中。2.bcftools ......Failed to open .vcf.gz: could not load index
这类报错在我使用bcftools index file.vcf.gz进行index出现的。 解决办法是换用tabix进行index,命令为tabix -p vcf file.vcf.gz。 用tabix就可以成功解决。...bcftools
beftools非常复杂，大概有20个命令，每个命令下面还有N多个参数 annotate .. edit VCF files, add or remove annotations call .. SNP/indel calling (former "vi ......![]()
install tabix/bgzip
bgzip – Block compression/decompression utility tabix – Generic indexer for TAB-delimited genome position files SAMtools and BCFtools are distributed ......超算云(GPU服务器)环境配置
最近在用并行超算云GPU服务器（中国国家网格12区）搭建毕设的环境，这里记录一下。 首先，超算云服务器的登录可以采用网页版、也可以采用客户端（超算云地址：https://cl ......
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