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如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位点?
目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene ......
vcf
文件
vcftools
test
txt
bcftools
提取vcf(snp/indel)文件子集
做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现
bcftools
有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎。这里记录下提取子vcf文件 ......
文件
vcf
提取
bcftools
list
【Workflows】 WGS/WES Mapping to Variant Calls
htslib官网上给的一个WGS/WES的流程。关于htslib、samtools和
bcftools
之间的关系,可以在sanger官网查看其解释: HTSlib is a software library for manipulating va ......
bam
lane
jar
vcf
fa
SNP 过滤(二)
本文转载于https://www.jianshu.com/p/e6d5dd774c6e SNP过滤有两种情况,一种是仅根据位点质量信息(测序深度,回帖质量等)对SNP进行粗过滤。如果使用GATK对重测序 ......
过滤
watermelon
位点
vcf
SNP2
BSA分析
目录 两种算法 1. 欧氏距离(ED)算法 2. SNP-index算法 实操 1. 上游分析 2. 下游分析 两种算法 1. 欧氏距离(ED)算法 mut与wt分别代表突变型混池、野生型混池,A、 ......
SNP
index
分析
BSA
ED
samtools+
bcftools
进行SNP calling
两个软件的作用:1.samtools mpileup 主要是用于收集BAM文件中的信息,这个位点上有多少条read匹配,匹配read的碱基是什么,并将这些信息存储在BCF文件中。2.
bcftools
......
samtools
1.
SNP
bam
calling
Failed to open .vcf.gz: could not load index
这类报错在我使用
bcftools
index file.vcf.gz进行index出现的。 解决办法是换用tabix进行index,命令为tabix -p vcf file.vcf.gz。 用tabix就可以成功解决。...
vcf
gz
index
bcftools
adsbygoogle
bcftools
beftools非常复杂,大概有20个命令,每个命令下面还有N多个参数 annotate .. edit VCF files, add or remove annotations call .. SNP/indel calling (former "vi ......
bcftools
DP
GT
sample
10
install tabix/bgzip
bgzip – Block compression/decompression utility tabix – Generic indexer for TAB-delimited genome position files SAMtools and
BCFtools
are distributed ......
install
tabix
bcftools
package
yum
超算云(GPU服务器)环境配置
最近在用并行超算云GPU服务器(中国国家网格12区)搭建毕设的环境,这里记录一下。 首先,超算云服务器的登录可以采用网页版、也可以采用客户端(超算云地址:https://cl ......
tensorflow
gpu
11
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2021
V2AS = Way To Ask
V2AS 一个技术分享与创造的静土
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