V2AS
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如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位点?
目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene ......
vcf
文件
vcftools
test
txt
admixture 群体结构分析
tructure是与PCA、进化树相似的方法,就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类,分子标记可以是SNP、indel、SSR。相比于PCA,进化树,群体结构分析可明确各个群 ......
SNP
plink
群体
vcf
测序
利用
vcftools
比较两个vcf文件
因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到
vcftools
比较两个vcf文件。 使用命令也很简单: 1
vcftools
--vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --dif ......
vcf
文件
vcftools
snp
adsbygoogle
SNP 过滤(二)
本文转载于https://www.jianshu.com/p/e6d5dd774c6e SNP过滤有两种情况,一种是仅根据位点质量信息(测序深度,回帖质量等)对SNP进行粗过滤。如果使用GATK对重测序 ......
过滤
watermelon
位点
vcf
SNP2
V2AS = Way To Ask
V2AS 一个技术分享与创造的静土
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