Bedtools genomecov 计算覆盖度
简单说明： 从2.28.0版开始，bedtools使用htslib库支持CRAM格式 除了BAM文件，bedtools默认所有的输入文件都以TAB键分割 除非使用-sorted选项，bedtools默认不支持大 ......![]()
Bedtools如何比较两个参考基因组注释版本的基因？
目录 问题 思路 原问题来自：How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions？ 其实可分为两个问题： 一是我组装了一个新的基因组， ......centos7 下安装生物信息软件的问题小总结
1、安装samtools与bwa时： 缺少zlib库 下载zlib库 cd zlib/ CFLAGS="-O3 -fPIC" ./configure make make install 然后在进入samtools 进行make 2、安装rpm包是 ......7、purge_haplogs 基因组去冗余
1、下载安装 https://bitbucket.org/mroachawri/purge_haplotigs/wiki/Install 1、Dependencies (in no particular order) $ sudo apt install bedtools $ bedto ......vcf和bed的位置信息区别
vcf和bed的位置信息区别 vcf和gff一般是从1-base开始计数，也就是文件里所代表的的位置是染色体的真实位置 bed文件一般所代表的位置是从0开始计数的，是一个半闭 ......hg19基因组 | 功能区域 | 位置提取
如何获取hg19的CDS、UTR、intergenic、intron等的位置信息？ 参考手册： Hg19 regions for Intergenic, Promoters, Enhancer, Exon, Intron, 5-UTR, 3-UTR 怎么从gtf ......PhastCons | 序列保守性打分
这是一个进化学上的概念，基因组的序列是不断进化而来的，根据45个脊椎动物的基因组序列，通过多重比对，我们就可以知道人类基因组上每个位置的保守性，一些高度保守 ......
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