简单说明：

• 从2.28.0版开始，bedtools使用htslib库支持CRAM格式
• 除了BAM文件，bedtools默认所有的输入文件都以TAB键分割
• 除非使用-sorted选项，bedtools默认不支持大于512M的染色体
• 如果没有使用-sorted参数对染色体按编码顺序进行排序（e.g., sort -k1,1 -k2,2n ），则必须使用-g参数输入相同排序染色体
• bedtools要求染色体命名方案在比较文件中是相同的（例如‘chr1’和‘1’不能同时存在）

1 genomecov

计算基因组水平上的reads覆盖度，可以以单个点位显示(-d)，或者以bed格式显示（-bg）。

在运行之前，保证

（1） 输入的bed/vcf/gff 文件时，要对齐进行排序(sort -k1,1 -k2,2n), 且提供 -g genome 文件

（2） 输入ban文件时，使用ibam 参数，先对bam文件进行sort，可不加-g 参数

如下

bedtools genomecov -bga -pc -ibam F_T02.sorted.bam >F_T02.frag.cov
head F_T02.frag.cov
YYchr1    0   183326  0
YYchr1    183326  183590  1
YYchr1    183590  187919  0
YYchr1    187919  188138  1
YYchr1    188138  190127  0
YYchr1    190127  190272  1
YYchr1    190272  190354  0

# -bg： 以bed文件输入
# -bga： 如上一样，但同时输入覆盖度为0的区域

以上结果中，第一列染色体，2，3列，位置区域，第4列 coverage，该区域的定义如下所示

参考

• 最全Bedtools使用说明--只看本文就够了

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