【基因组注释】ncRNA注释
目录 1. ncRNA 2. 软件 tRNA注释 rRNA注释 其他ncRNA注释 3. 注释 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等结果的统计 1. ncRNA 非编码RNA(Non-coding RNA, n ......![]()
python版的MCScan绘图
最近发现了python版的MCScan，是个大宝藏。由于走了不少弯路，终于画出美图，赶紧记录下来。 github地址 https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-ve ......![]()
【比较基因组】McScan jcvi比较两个基因组共线性细节记录
目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan（jcvi工具包）：https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有python2，现在已有pyt ......![]()
SNPEFF snp注释 (添加自己基因组)
之间介绍过annovar进行对snp注释，今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of vari ......![]()
基于PASA进行基因预测
PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotation tool that exploits spliced alignments of expressed transcr ......![]()
annovar 注释除人类以外的SNP
1. 准备文件： ref.fa ref.gtf或者gff3，最好是gtf3，可将gff3转化为gtf sample.vcf 2. 用gff3ToGenePred与gtfToGenePred工具将gtf或gff3文件转化为reference_refGe ......![]()
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