【豆科基因组】豇豆Cowpea，Vigna unguiculata [L.] Walp.基因组2019PJ
目录 来源 结果 基因组大小估计 采用stitching方法组装 修改豇豆染色体编号 基因注释和重复DNA 豇豆遗传多样性 SNP和INDEL Vu03 上 4.2-Mb 染色体倒位的鉴定 与 ......![]()
Eigensoft-smartpca分析PCA报错：warning (mapfile): bad chrom: Segmentation fault
目录 问题 解决 问题 一直以来用Eigensoft的smartpca来做群体遗传的PCA分析很顺畅，结果也比较靠谱。 但今天报错如下： $ ~/miniconda3/bin/smartpca -p smartpca. ......![]()
[PHP] 遗传算法求函数最大值一般实现
需求：求解函数 f(x) = x + 10*sin(5*x) + 7*cos(4*x) 在区间[0,9]的最大值。 <?php /* 需求：求解函数 f(x) = x + 10*sin(5*x) + 7*cos(4*x) 在区间[0,9] ......遗传算法 Genetic Algorithms
遗传算法 Genetic Algorithms 遗传算法是一种“adaptive heuristic search algorithm”（自适应启发式搜索算法），虽不明、但觉厉。其实遗传算法的思路很朴素，实现起来 ......![]()
admixture 群体结构分析
tructure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类，分子标记可以是SNP、indel、SSR。相比于PCA，进化树，群体结构分析可明确各个群 ......![]()
遗传算法(Genetic Algorithm)——基于Java实现
一、遗传算法原理介绍 遗传算法（Genetic Algorithm）是模拟达尔文生物进化论的自然选择和遗传学机理的生物进化过程的计算模型，是一种通过模拟自然进化过程搜索最 ......![]()
【基因组组装】HiC挂载Juicebox纠错补充
目录 1. 主要纠错类型 misjoins translocations inversions chromosome boundaries 2. 其他有用操作 撤销与反撤销 移到边角料 1. 主要纠错类型 上篇HiC挂载软件 ......![]()
群体遗传之ped格式
1、PED简介 PED文件格式是广泛使用的用于连锁系谱数据分析的格式，并用作plink程序的输入。PLINK是一个免费的，开源的全基因组关联分析工集，旨在以高计算效率的方式 ......![]()
3D-DNA 挂载染色体
3D-DNA是一款简单，方便的处理Hi-C软件，可将contig提升到染色体水平。其githup网址：https://github.com/theaidenlab/3d-dna 将Hi-C数据比对到draft.genome.fa。（利 ......![]()
HGP|VCG|UK10K|中科院职业人群队列研究计划|药物基因组学
全球性计划：表观组计划；肝计划 测1000人的变异level HGP计划三个阶段，范围逐步扩大和深化。 Pilot：deep sequence---low coverage Phase 1 Phase 2 ============== ......
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