【Plink】Error: Multiple instances of '_' in sample ID.？
目录 前言 原因 解决方法 方法一：修改样本名 方法二：修改--id-delim 方法三：加入--double_id或--const-fid参数 前言 将vcf转化为plink格式时，命令如下： plink - ......plink 进行PCA分析
当我们进行群体遗传分析时，得到vcf后，可利用plink进行主成分（PCA）分析； 1 conda install plink 第一步：将vcf转换为plink格式 1 plink --vcf F_M_trans.reco ......![]()
利用plink软件基于LD信息过滤SNP
最近有需求，对WGS测序获得SNP信息进行筛减，可问题是测序个体少，call rate，maf，hwe，等条件过滤后，snp数量还是千万级别，所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大 ......![]()
Eigensoft-smartpca分析PCA报错：warning (mapfile): bad chrom: Segmentation fault
目录 问题 解决 问题 一直以来用Eigensoft的smartpca来做群体遗传的PCA分析很顺畅，结果也比较靠谱。 但今天报错如下： $ ~/miniconda3/bin/smartpca -p smartpca. ......![]()
[CTF]栅栏密码学习
[CTF]栅栏密码学习 即把将要传递的信息中的字母交替排成上下两行，再将下面一行字母排在上面一行的后边，从而形成一段密码。栅栏密码是一种置换密码。 例如密文：TE ......admixture 群体结构分析
tructure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类，分子标记可以是SNP、indel、SSR。相比于PCA，进化树，群体结构分析可明确各个群 ......![]()
Admixture的监督分群（Supervised analysis）
目录 说明 实战 说明 Admixture通过EM算法一般用于指定亚群分类；或者在不知材料群体结构背景下，通过迭代交叉验证获得error值，取最小error对应的K值为推荐亚群数 ......![]()
BFOA
include <stdio.h> include <stdlib.h> include <string.h> include <time.h> include <math.h> define PI (3.1415926f) define RND ( ......群体遗传之ped格式
1、PED简介 PED文件格式是广泛使用的用于连锁系谱数据分析的格式，并用作plink程序的输入。PLINK是一个免费的，开源的全基因组关联分析工集，旨在以高计算效率的方式 ......![]()
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