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Sentieon安装时 jemalloc error 解决办法
Sentieon建议使用jemalloc来改善Sentieon应用程序中的内存管理和整体性能,尤其是Sentieon
bwa
-mem。有时在安装运行过程中会出现报错: ERROR: ld.so: object '/usr ......
安装
jemalloc
解决办法
Sentieon
com
【Workflows】 WGS/WES Mapping to Variant Calls
htslib官网上给的一个WGS/WES的流程。关于htslib、samtools和bcftools之间的关系,可以在sanger官网查看其解释: HTSlib is a software library for manipulating va ......
bam
lane
jar
vcf
fa
snakmake 小练习
最近在学习snakemake 用于生信流程管理,现在用一个snakemake 来完成小任务:将在某一文件夹下的多个bam文件截取一部分,然后建立索引,在提取出fastq序列,最后比对 ......
sample
微信
bam
input
程序
NextPolish对基因组进行polish
NextPolish由未来组开发对基因组序列进行polish的工具,对三代以及二代均可进行polish。 gituhp地址:https://github.com/Nextomics/NextPolish 基因组进行de novo ......
基因组
NextPolish
reads
polish
Polish
bwa
比对软件的使用以及其结果文件(sam)格式说明
一、
bwa
比对软件的使用 1、对参考基因组构建索引
bwa
index -a bwtsw hg19.fa -a 参数:is[默认] or bwtsw,即
bwa
构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BW ......
fq
bwa
gz
fa
aln
centos7 下安装生物信息软件的问题小总结
1、安装samtools与
bwa
时: 缺少zlib库 下载zlib库 cd zlib/ CFLAGS="-O3 -fPIC" ./configure make make install 然后在进入samtools 进行make 2、安装rpm包是 ......
安装
Centos7
docker
Docker
CentOS7
使用mamba加快conda安装软件速度?
conda是个安装软件的神器,但镜像不稳定,下载安装软件的速度有时很慢。对于几十Mb甚至上百Mb的软件往往下不动,下了半天可能失败。 找了一个叫mamba的加速神器,可以 ......
安装
软件
conda
mamba
linux
GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化。 1 wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.5.0/gatk-4.1.5.0.zip 2 ......
SNP
test
gatk
vcf
bam
3D-DNA 挂载染色体
3D-DNA是一款简单,方便的处理Hi-C软件,可将contig提升到染色体水平。其githup网址:https://github.com/theaidenlab/3d-dna 将Hi-C数据比对到draft.genome.fa。(利 ......
DNA
genome
juicer
draft
com
BSA分析
目录 两种算法 1. 欧氏距离(ED)算法 2. SNP-index算法 实操 1. 上游分析 2. 下游分析 两种算法 1. 欧氏距离(ED)算法 mut与wt分别代表突变型混池、野生型混池,A、 ......
SNP
index
分析
BSA
ED
V2AS = Way To Ask
V2AS 一个技术分享与创造的静土
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