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生物医学大数据: 收集数据后对数据的分析,如同看相,而对数据信息的挖掘可以看作是算命。这两个过程是基于算法和软件这类工具之上的。 在存储方面:在硬件上,为了Par ......
FPGA
data
数据
CPU
字节
bwa比对软件的使用以及其结果文件(sam)格式说明
一、bwa比对软件的使用 1、对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BW ......
fq
bwa
gz
fa
aln
【转】群体研究套路:开心果denovo+重测序+转录组+群体进化+选择位点
转自公众号Eric生信小班。学习群体遗传套路 中科院昆明动物园吴东东研究团队联合国外研究团队2019年在Genome Biology发表题为Whole genomes and transcriptomes r ......
测序
基因组
开心果
基因
群体
SNP 过滤(二)
本文转载于https://www.jianshu.com/p/e6d5dd774c6e SNP过滤有两种情况,一种是仅根据位点质量信息(测序深度,回帖质量等)对SNP进行粗过滤。如果使用
GATK
对重测序 ......
过滤
watermelon
位点
vcf
SNP2
GATK
4.1 call SNP
GATK
4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化。 1 wget https://github.com/broadinstitute/
gatk
/releases/download/4.1.5.0/
gatk
-4.1.5.0.zip 2 ......
SNP
test
gatk
vcf
bam
BSA分析
目录 两种算法 1. 欧氏距离(ED)算法 2. SNP-index算法 实操 1. 上游分析 2. 下游分析 两种算法 1. 欧氏距离(ED)算法 mut与wt分别代表突变型混池、野生型混池,A、 ......
SNP
index
分析
BSA
ED
tomcat+Redis
Tomcat是Apache软件基金会(Apache Software Foundation)的Jakarta 项目中的一个核心项目,由Apache、Sun和其他一些公司及个人共同开发而成。 Tomcat服务器是一个免 ......
tomcat
usr
local
Tomcat
session
Hard filters (by
GATK
)
Filter Symbol T. Definition QualByDepth QD 2.0 The variant confidence (from the QUAL field) divided by the unfiltered depth of non-ref ......
GATK
The
filters
adsbygoogle
html
GATK
4注意事项
近期在测试多样品的WES的过程中发现用HC得到gvcf之后,合并多个样品的gvcf文件的过程中,使用CombineGVCFs的过程中很慢,发现官网推荐使用GenomicsDBImport 用法如 ......
注意事项
使用
1.
intervals
ServerSuperIO
INDEL的重新比对和碱基质量分数的重新校准
1.为什么要做这两步(why): indel的重新比对:这是由于比对软件的自身限制,其可能将包括indel的read解释为snp的read,这就导致calling的错误和后面的碱基质量分数的 ......
碱基
测序
分数
1.
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