RNA_seq 热图绘制
若已经拿到表达矩阵exprSet 若差异较大，进行log缩小不同样本的差距 1 加载包 2 library(pheatmap) 3 4 缩小表达量差距 5 exprSet <- log2(exprSet+1) ......![]()
[R] 保存pheatmap图片对象到文件
一般我们使用pheatmap通过Rstudio交互得到的图片在plots的Export导出即可，如何保存对象到文件呢？这个需求在自动化流程中很常见，作者似乎也没说明。 生成示例数据： ......![]()
RNA-seq 生物学重复相关性验证
根据拿到的表达矩阵设为exprSet 数据中心化：数据集中的各个数字减去数据集的均值 数据标准化：中心化之后的数据在除以数据集的标准差。 在R中利用scale方法来对数 ......![]()
[R] 如何绘制各样本的pathway丰度热图？
一般而言，我们做完pathway富集分析，就做下气泡图或bar图来进行展示，但它们实际上只考虑了富集因子和Pvalue。如果我们不关注这两个因素，而是在乎样本本身的pathway ......![]()
记录R的一些黑魔法
12345678 pathway<-read.table("PTC+_transcript_pep_supp_KEGG.txt",header=T,sep="t",stringsAsFactors=FALSE)pp <- ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway ......R语言入门-画图（二）--heatmap
一、函数参数： pheatmap参数： treeheight_row 横有多长 treeheight_col 竖有多长 cluster_cols=FLASE 单一方向聚类，也就是只有一边有树状结构，默认 ......R包MetaboAnalystR安装指南（Linux环境非root）
前言 这是代谢组学数据分析的一个R包，包括用于代谢组学数据分析、可视化和功能注释等众多功能。最近有同事在集群中搭建蛋白和代谢流程，安装这个包出现了问题，于是 ......![]()
R语言与医学统计图形-【17】ggplot2几何对象之热图
ggplot2绘图系统——heatmap、geom_rect 这里不介绍更常见的pheatmap包。 1.heatmap函数 基础包。 data=as.matrix(mtcars) 接受矩阵 heatmap(data) heatmap(data,sca ......![]()
【pheatmap热图scale报错】Error in hclust(d, method = method)：NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)
初始数据类似如下： 填充下缺失值 data[data==0] <- NA data[is.na(data)] <- min(data,na.rm = T)*0.01 pheatmap(log10(data)) pheatmap(data,scale = "row") ......![]()
从 pheatmap 无缝迁移至 ComplexHeatmap
pheatmap 是一个非常受欢迎的绘制热图的 R 包。ComplexHeatmap 包即是受之启发而来。你可以发现Heatmap()函数中很多参数都与pheatmap()相同。在 pheatmap 的时代（请 ......![]()
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