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面向生信分析的高性 RStudio 服务器
因需要超大内存的拼接/比对/表达量计算发愁? 为了使用组里的服务器而被困在实验室? 浪费大量的时间龟速下载
NCBI
的数据? 快来看看云筏 HPC 吧! https://my.clou ......
生信
服务器
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基因 ID 匹配利器
一、背景 对于每个生物信息分析的人来说,ID 匹配(映射)是一项非常常见,但又很繁琐的任务。假设,我们有一个来自上游分析的 gene symbol 或报告的 ID 列表,然后我们 ......
id
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gene
【宏蛋白组】iMetaLab平台分析肠道宏蛋白质组数据
目录 一、iMetaLab简介 二、内置工具与模块 1. Data Processing module 2. Functional Analysis 3. R Developing environment 4. R based data analysis packages ......
分析
蛋白
蛋白组
鉴定
iMetaLab
如何识别自己基因组数据是哪个全基因组参考版本(Genome Reference Versions/ Genome Build)
首先在这里先感谢我们【Bio生信学习交流群】的群友和创建此群的群主【陈博士后】。 今天解决的问题是怎么查看自己的基因组数据是哪个Genome Reference Versions。 步骤 ......
基因组
测序
Genome
GWAS
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【
NCBI
教程】资源汇总整理 (转载)
主题 网址 备注 【
NCBI
教程】资源汇总整理 http://www.omicsha ......
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程序
【宏组学】如何根据taxid(或taxname)快速获得taxname(或taxid)?
我有一个物种taxonomy ID的list,想获得相应的物种名,不要一个个去
NCBI
Taxonomy官网查。反之根据物种名list查询对应的taxid。 因为之前没怎么用过,我的第一个想法 ......
taxid
组学
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物种
【数据库】本地NR数据库如何按物种拆分?
目录 1.准备本地数据库文件 1.1 NR库下载 1.2 Taxonomy数据库下载 2.按物种拆分NR库 2.1 第一步:获得Aceesson和分类物种的对应关系 2.2 第二步:获得分类物种的序 ......
数据库
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物种
dmp
NR
AnnotationHub, clusterProfiler 进行GO,KEGG注释
️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub,顾名思义,就是注释信息的中装站。通过它,能找到了几乎所有的注释资源。如果没有,你还可以根据已有的数据用它 ......
KEGG
AnnotationHub
数据库
注释
GO
使用BRAKER2进行基因组注释
来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转录组数据。 在使用软件之 ......
基因组
注释
安装
conda
序列
【宏基因组】MEGAN4,MEGAN5和MEGAN6的Linux安装和使用
MEGAN(Metagenome Analyzer)是宏基因组学进行物种和功能研究的常用软件,实际上现在的Diamond+MEGAN6已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了。 但是由于各种原 ......
MEGAN
Linux
MEGAN6
安装
MEGAN5
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