测序数据学习笔记：bcl2fastq 安装
相比二进制的 bcl2fastq2，基于 Perl 语言的 bcl2fastq-1.8.4 或许是从源码层面学习了解 Illumina 测序数据处理一个不错的选择。源码版本的 bcl2fastq-1.8.4.tar.b ......![]()
【豆科基因组】小豆（红豆）adzuki bean, Vigna angularis基因组2015
目录 一、来源 研究一：Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二：Genome sequencing of adzuki bean (Vigna angularis) provides insight i ......![]()
【宏蛋白组】iMetaLab平台分析肠道宏蛋白质组数据
目录 一、iMetaLab简介 二、内置工具与模块 1. Data Processing module 2. Functional Analysis 3. R Developing environment 4. R based data analysis packages ......![]()
R语言|ggplot2| 绘制KEGG气泡图
在 RStudio 中使用 BiocManager 安装包 install.packages("BiocManager") install.packages("ggplot2") 安装对应版本的 Rtools 详细指导说明 安装连接 安装完成 ......![]()
知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Briefings in Bioinformatics-2021)：生物信息学中的图表示学习：趋势、方法和应用
4.(2021.6.24)Briefings-生物信息学中的图表示学习：趋势、方法和应用 论文标题: Graph representation learning in bioinformatics: trends, methods and applica ......![]()
AnnotationHub, clusterProfiler 进行GO，KEGG注释
️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub，顾名思义，就是注释信息的中装站。通过它，能找到了几乎所有的注释资源。如果没有，你还可以根据已有的数据用它 ......![]()
【R读取报错】解决: Can't bind data because some arguments have the same name
最近读取一个数据时，报如标题的错误。 args[1] <- "RT_10-VS-RT_0" all <- read.delim(paste0(args[1],".xls"),header = T,check.names = F) dat <- all %>% dply ......植物GO注释
本文主要是对没有GO term库的植物进行注释。 1、选用AgriGo 进行注释，在agriGO中点击species后，查看与你目标物种相近的物种作为库 2、比如我以甜菜为例 为了找到和 ......![]()
[R] 如何绘制各样本的pathway丰度热图？
一般而言，我们做完pathway富集分析，就做下气泡图或bar图来进行展示，但它们实际上只考虑了富集因子和Pvalue。如果我们不关注这两个因素，而是在乎样本本身的pathway ......![]()
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