MindSponge分子动力学模拟——Constraint约束
技术背景 在前面的几篇博客中，我们已经介绍了MindSponge的基本使用方法，比如定义一个分子系统、计算分子的单点能以及迭代器的使用等。有了这些基础的教程，用户以及 ......![]()
MindSponge分子动力学模拟——使用迭代器进行系统演化（2023.09）
技术背景 在前面几篇博客中，我们已经介绍过使用MindSponge去定义一个系统以及使用MindSponge计算一个分子系统的单点能。这篇文章我们将介绍一下在MindSponge中定 ......![]()
MindSponge分子动力学模拟——计算单点能（2023.08）
技术背景 在前面的几篇文章中，我们分别介绍了MindSponge的软件架构、MindSponge的安装与使用和如何在MindSponge中定义一个分子系统。那么就像深度学习中的损失函数 ......MindSponge分子动力学模拟——定义一个分子系统（2023.08）
技术背景 在前面两篇文章中，我们分别介绍了分子动力学模拟软件MindSponge的软件架构和安装与使用教程。这里我们进入到实用化阶段，假定大家都已经在本地部署好了基 ......![]()
基因 ID 匹配利器
一、背景 对于每个生物信息分析的人来说，ID 匹配（映射）是一项非常常见，但又很繁琐的任务。假设，我们有一个来自上游分析的 gene symbol 或报告的 ID 列表，然后我们 ......【4】蛋白质组学鉴定软件之MSGFPlus
目录 1.简介 2.安装运行 3.结果 1.简介 MSGF+也是近年来应用得比较多的蛋白鉴定软件。java写的，2008年初次发表JPR，2014年升级发表NC，免费开源，持续更新维护，良心 ......![]()
mdp文件-Chapter2-NVT.mdp
这是mdp文件系列的第二篇，介绍nvt平衡中要使用的mdp文件。 先上代码，nvt.mdp 1 title = OPLS Lysozyme NVT equilibration 2 define = -DPOSRES 3 ......[R] 如何在Linux命令行进行参数传入？
以前由于R命令行传参不友好，经常嵌套在其他程序语言（如Perl/Python）中来进行传参，但现在也陆续有一些方式来实现R的传参了，这里简单罗列下。 最传统的方法就是使 ......【shell】循环将字符串写入数组中？
bash shell脚本语法怪异，其他语言循环写入数组或列表都很简单实现，或有相应函数来做。 以下用两种方法来实现： 方法一 c=0 for i in `ls ./Data_Analysis/Quantita ......
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