以前由于R命令行传参不友好，经常嵌套在其他程序语言（如Perl/Python）中来进行传参，但现在也陆续有一些方式来实现R的传参了，这里简单罗列下。

最传统的方法就是使用系统自带的commandArgs函数，直接按位置顺序传入。这种方法简短、快速，适合个人使用。一般也能满足我们的需求了，但对于其他用户是不够友好的。

#test.R
args=commandArgs(T)
file=read.table(args[1])
...
#command line
$Rscript test.R file

使用getopt包，参数形式为：

getopt(
  spec = NULL,
  opt = commandArgs(TRUE),
  command = get_Rscript_filename(),
  usage = FALSE,
  debug = FALSE
)

说明：

spec是一个4-5列的矩阵，里面包括了参数信息，前四列是必须的，第五列可选。

• 第一列：参数的longname，多个字符。
• 第二列：参数的shortname，一个字符。
• 第三列：参数是必须的，还是可选的，数字：0代表不接参数 ；1代表必须有参数；2代表参数可选。
• 第四列：参数的类型。logical；integer；double；complex；character；numeric
• 第五列：注释信息，可选。

应用示例：

library(getopt)
# 构建参数矩阵
library(getopt)
spec = matrix(c(
    'verbose', 'v', 2, "integer",
    'help'   , 'h', 0, "logical",
    'count'  , 'c', 1, "integer",
    'mean'   , 'm', 1, "double",), byrow=TRUE, ncol=4)
#传参
opt = getopt(spec)

以我的数据作为例子，部分脚本如下：

library(getopt)
command=matrix(c("exp","e",1,"character",
                 "ko","k",1,"character",
                 "cazy","z",1,"character",
                 "cog","c",1,"character",
                 "help","h",0,"logical"),byrow=T,ncol=4)
args=getopt(command)
#帮助信息
if (!is.null(args$help) || is.null(args$exp) || is.null(args$ko) || is.null(args$cazy)|| is.null(args$cog)) {
  cat(paste(getopt(command, usage = T), "\n"))
  q()
}

#读入参数
exp <- readr::read_delim(args$exp,delim = "\t")
ko <- readr::read_delim(args$ko,delim = "\t",comment = '#',col_names=F)
cazy <- readr::read_delim(args$cazy,delim = '\t')
cog <- readr::read_delim(args$cog,delim = '\t')
......

命令行运行：

帮助

$Rscript getopt_test.R -h
Usage: getopt_test.R [-[-exp|e] <character>] [-[-ko|k] <character>] [-[-cazy|z] <character>] [-[-cog|c] <character>] [-[-help|h]]

运行

$ Rscript getopt_test.R --exp protein.xls --ko test.ko --cazy cazy.anno --cog protein2cog.xls

使用GetoptLong包。这是由大佬Zuguang Gu开发（就是开发ComplexHeatmap

和circlize的那位），借用了Perl GetoptLong模块的传参形式，用法也几乎一样。

GetoptLong(..., help = TRUE, version = TRUE, envir = parent.frame(), argv_str = NULL,
    head = NULL, foot = NULL, script_name = NULL)

可以看下他提供的例子：

https://github.com/jokergoo/GetoptLong

https://www.rdocumentation.org/packages/GetoptLong/versions/0.1.7/topics/GetoptLong

 #r script
library(GetoptLong)
    cutoff = 0.05 #default
    GetoptLong(
        "number=i", "Number of items, integer, mandatory option",
        "cutoff=f", "cutoff to filter results, optional, default (0.05)",
        "verbose",  "print messages"
    )  

#Then you can call the script from command line either by:
    $ Rscript foo.R --number 4 --cutoff 0.01 --verbose
    $Rscript foo.R -n 4 -c 0.01 -v
    $ Rscript foo.R -n 4 --verbose

以我自己的数据为例。部分R脚本如下：

suppressMessages(library(GetoptLong))
suppressMessages(library(tidyverse))

GetoptLong(
  "expression=s", "protein expression matrix",
  "ko=s", "ko annotation outcome",
  "cazy=s", "cazy annotation outcome",
  "cog=s", "cog annotation outcome",
  "verbose!","print messages"
)

#读入参数
exp <- readr::read_delim(expression,delim = "\t")
ko <- readr::read_delim(ko,delim = "\t",comment = '#',col_names=F)
cazy <- readr::read_delim(cazy,delim = '\t')
cog <- readr::read_delim(cog,delim = '\t')

命令行运行会自动生成帮助文档。

$ Rscript test.R --help
Usage: Rscript function_summary.R [options]

  --expression character
    protein expression matrix

  --ko character
    ko annotation outcome

  --cazy character
    cazy annotation outcome

  --cog character
    cog annotation outcome

  --verbose
    print messages

  --help
    Print help message and exit.

  --version
    Print version information and exit.

长参传入：

$Rscript test.R --expression protein.xls --ko test.ko --cazy cazy.anno --cog protein2cog.xls

短参传入：

如果所有参数的首字母不同，用首字母即可；如果有些参数名称近似，则最好用多个字母，否则会辨别不了。

比如我这里的cog和cazy参数，首字母相同，明显不能都用c，我把其中一个改成大写的C也辨别不了；其中一个用一个首字母，另一个用两个首字母也不行。用co和ca就可以了。所以参数的名字一定要明显区分开来。

$ Rscript test.R -e protein.xls -k test.ko -c cazy.anno -C protein2cog.xls
Option c is ambiguous (cazy, cog)
Option c is ambiguous (cazy, cog)
Usage: Rscript test.R [options]

  --expression character
    protein expression matrix

  --ko character
    ko annotation outcome

  --cazy character
    cazy annotation outcome

  --Cog character
    cog annotation outcome

  --verbose
    print messages

  --help
    Print help message and exit.

  --version
    Print version information and exit.

这个就可以了

$ Rscript test.R -e protein.xls -k test.ko -ca cazy.anno -co protein2cog.xls

Ref:

https://www.cnblogs.com/timeisbiggestboss/p/7811009.html

https://www.rdocumentation.org/packages/GetoptLong/versions/0.1.7/topics/GetoptLong