MindSponge分子动力学模拟——Constraint约束
技术背景 在前面的几篇博客中，我们已经介绍了MindSponge的基本使用方法，比如定义一个分子系统、计算分子的单点能以及迭代器的使用等。有了这些基础的教程，用户以及 ......![]()
mdp文件-Chapter2-NVT.mdp
这是mdp文件系列的第二篇，介绍nvt平衡中要使用的mdp文件。 先上代码，nvt.mdp 1 title = OPLS Lysozyme NVT equilibration 2 define = -DPOSRES 3 ......mdp文件-Chapter4-MD.mdp
终于到了mdp系列的第四篇，最终MD模拟的mdp文件 先上代码，md.mdp 1 title = OPLS Lysozyme MD simulation 2 ; Run parameters 3 integrator = md ......martini-新分子的参数化
http://jerkwin.github.io/2016/10/10/Martini%E5%AE%9E%E4%BE%8B%E6%95%99%E7%A8%8BMol/ 对新分子的参数化可以分为两种情况，一种是基于已知片段对新分子进行参 ......![]()
martini-md参数（mdp文件）
输入参数：一个典型的mdp文件 1 ; 2 ; STANDARD MD INPUT OPTIONS FOR MARTINI 2.x 3 ; Updated 02 feb 2013 by DdJ 4 ; 5 ; for use with GROMACS ......mdp文件-Chapter3-NPT.mdp
mdp系列的第三篇，对NPT模拟中的mdp文件做一简单介绍。 先上代码 1 title = OPLS Lysozyme NPT equilibration 2 define = -DPOSRES ; position res ......martini-能量最小化参数（mdp文件）
1 ; 2 ; STANDARD MD INPUT OPTIONS FOR MARTINI 2.x 3 ; Updated 02 feb 2013 by DdJ 4 ; 5 ; for use with GROMACS 4.5/4.6 6 ; 7 8 title ......分子动力学模拟之基于自动微分的LINCS约束
技术背景 在分子动力学模拟的过程中，考虑到运动过程实际上是遵守牛顿第二定律的。而牛顿第二定律告诉我们，粒子的动力学过程仅跟受到的力场有关系，但是在模拟的过 ......![]()
分子动力学模拟之SETTLE约束算法
技术背景 在上一篇文章中，我们讨论了在分子动力学里面使用LINCS约束算法及其在具备自动微分能力的Jax框架下的代码实现。约束算法，在分子动力学模拟的过程中时常会 ......![]()
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