测序数据学习笔记：bcl2fastq 安装
相比二进制的 bcl2fastq2，基于 Perl 语言的 bcl2fastq-1.8.4 或许是从源码层面学习了解 Illumina 测序数据处理一个不错的选择。源码版本的 bcl2fastq-1.8.4.tar.b ......![]()
miRNA预测工具miRDeep-P2
之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 在此之前，应安装一下软件 Bowite, Bowtie2, Vienna (RNA二级结构 ......![]()
单细胞转录组实战01: CellRanger7定量
cd ~/APP wget -O cellranger-7.1.0.tar.xz "https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-7.1.0.tar.xz?Expires=1674686023&Policy=eyJTdGF0ZW1lb ......![]()
sed 's/AA/BB/' file 将文件中的AA替换成BB，只替换一行中第一次出现的AA，替换后的结果输出到屏幕 sed 's/AA/BB/g' file 将文件中的所有AA都替换成BB，替换后的结果输出到屏幕
生信人的自我修养：Linux命令速查手册 简佐义 四川大学 生物信息学硕士 科学求真 赢 10 万奖金 · 院士面对面 209 人赞同了该文章 许 ......![]()
使用BRAKER2进行基因组注释
来自：https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程，能够组合GeneMark，AUGUSTUS和转录组数据。 在使用软件之 ......![]()
snakmake 小练习
最近在学习snakemake 用于生信流程管理，现在用一个snakemake 来完成小任务：将在某一文件夹下的多个bam文件截取一部分，然后建立索引，在提取出fastq序列，最后比对 ......![]()
fastq文件基本信息统计工具
之前写的一个小工具，写的很简陋，名字取的也很随意就叫skr，哈哈。主要是fq转fa、合并多个染色体的vcf文件等，功能不多（主要是C写起来太操蛋了T_T），通常我也只用来统 ......C语言 fastq文件转换为fasta文件
目前只能处理短序列，若要处理长序列，可按照https://www.cnblogs.com/mmtinfo/p/13036039.html的读取方法。 1 include <stdio.h> 2 include <stdlib.h> 3 i ......NCBI SRA数据如何进行md5校验？
下了一些sra数据库中的公共数据，因为pretech和aspera不稳定，稍微大点的文件经常传断，部分文件我只能通过本地下载再上传。 那么问题来了，sra没有md5校验，我怎么知 ......
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