【基因组注释】ncRNA注释
目录 1. ncRNA 2. 软件 tRNA注释 rRNA注释 其他ncRNA注释 3. 注释 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等结果的统计 1. ncRNA 非编码RNA(Non-coding RNA, n ......![]()
miRNA 基本知识
miRNA MicroRNA (miRNA) 是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小 RNA，其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达，而几个 miRNA 也 ......![]()
miRNA分析--比对（二）
miRNA分析--数据过滤（一） 在比对之前为了减少比对时间，将每一个样本中的reads进行合并，得到fasta格式，其命名规则如下： 样本_r数子_x数字 r 中的数字表示reads序 ......![]()
知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Briefings in Bioinformatics-2021)：生物信息学中的图表示学习：趋势、方法和应用
4.(2021.6.24)Briefings-生物信息学中的图表示学习：趋势、方法和应用 论文标题: Graph representation learning in bioinformatics: trends, methods and applica ......![]()
易基因：PIWI/piRNA在人癌症中的表观遗传调控机制（DNA甲基化+m6A+组蛋白修饰）｜综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2023年03月07日，南华大学衡阳医学院李二毛团队在《Molecular Cancer》杂志发表了题为“The epigenet ......![]()
miRNA预测工具miRDeep-P2
之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 在此之前，应安装一下软件 Bowite, Bowtie2, Vienna (RNA二级结构 ......![]()
SNPEFF snp注释 (添加自己基因组)
之间介绍过annovar进行对snp注释，今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of vari ......![]()
miRAN 分析以及mRNA分析
一些参考资料 http://www.360doc.com/content/17/0528/22/19913717_658086490.shtml https://www.cnblogs.com/triple-y/p/9338890.html 一、对miRNA进行分析 1、b ......![]()
miRNA分析--靶基因预测（三）
miRNA分析--数据过滤（一） miRNA分析--比对（二） 根据miRNA Target Prediction in Plants, miRNA并非所有区域都要求严格匹配，其中第1位碱基和第14位以后的碱基是允 ......![]()
miRNA分析--数据过滤（一）
miRNA 数据过滤我使用cutadapt 1 cutadapt -a AGATCGGAAGAGCACACGTCT -m 15 -q 20 --discard-untrimmed -o outname .fa --discard-untrimmed 把reads中不含有ada ......![]()
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