mdp文件-Chapter2-NVT.mdp
这是mdp文件系列的第二篇，介绍nvt平衡中要使用的mdp文件。 先上代码，nvt.mdp 1 title = OPLS Lysozyme NVT equilibration 2 define = -DPOSRES 3 ......mdp文件-Chapter1-MINIM.mdp
mdp文件是能量最小化，NVT模拟，NPT模拟与MD模拟的必须文件。 mdp文件的详细解释可以参考官方文档http://manual.gromacs.org/online/mdp_opt.html 接下来我将使用四 ......Gromacs文件-Chapter1
Gromacs的文件非常的多，这是官方文档地址：http://manual.gromacs.org/online/files.html. 本文章部分内容来自以下网址https://zhuanlan.zhihu.com/p/27279508 下 ......martini-新分子的参数化
http://jerkwin.github.io/2016/10/10/Martini%E5%AE%9E%E4%BE%8B%E6%95%99%E7%A8%8BMol/ 对新分子的参数化可以分为两种情况，一种是基于已知片段对新分子进行参 ......![]()
martini-md参数（mdp文件）
输入参数：一个典型的mdp文件 1 ; 2 ; STANDARD MD INPUT OPTIONS FOR MARTINI 2.x 3 ; Updated 02 feb 2013 by DdJ 4 ; 5 ; for use with GROMACS ......Gromacs命令-Chapter1
Gromacs的命令非常多，下面我将我最近用到的先总结一下。标题上也写了这只是Chapter1，以后有新的会继续写Chapter2...等等。 下面这个网址http://manual.gromacs.org ......gromacs2018使用踩坑记--insert-molecules
1] gmx插入分子[ -f [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -ci [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -ip [<.dat>] ] [ - n [<.ndx>] ] [ -o [<.gro / .g96 / ... ......gromacs2018使用踩坑记--grompp 为啥要用-r
1. GMX grompp gmx grompp [ -f [<.mdp>] ] [ -c [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -r [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -rb [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -n ......mdp文件-Chapter3-NPT.mdp
mdp系列的第三篇，对NPT模拟中的mdp文件做一简单介绍。 先上代码 1 title = OPLS Lysozyme NPT equilibration 2 define = -DPOSRES ; position res ......
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