mdp文件-Chapter1-MINIM.mdp
mdp文件是能量最小化，NVT模拟，NPT模拟与MD模拟的必须文件。 mdp文件的详细解释可以参考官方文档http://manual.gromacs.org/online/mdp_opt.html 接下来我将使用四 ......martini-新分子的参数化
http://jerkwin.github.io/2016/10/10/Martini%E5%AE%9E%E4%BE%8B%E6%95%99%E7%A8%8BMol/ 对新分子的参数化可以分为两种情况，一种是基于已知片段对新分子进行参 ......![]()
Gromacs命令-Chapter1
Gromacs的命令非常多，下面我将我最近用到的先总结一下。标题上也写了这只是Chapter1，以后有新的会继续写Chapter2...等等。 下面这个网址http://manual.gromacs.org ......gromacs2018使用踩坑记--grompp 为啥要用-r
1. GMX grompp gmx grompp [ -f [<.mdp>] ] [ -c [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -r [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -rb [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -n ......martini-实例-脂质双分子层
Martini粗粒化模型一开始就是为脂质开发的.（http://jerkwin.github.io/2016/11/03/Martini%E5%AE%9E%E4%BE%8B%E6%95%99%E7%A8%8BLip/ Martini方法的主要思想是, ......![]()
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