MindSponge分子动力学模拟——Constraint约束
技术背景 在前面的几篇博客中，我们已经介绍了MindSponge的基本使用方法，比如定义一个分子系统、计算分子的单点能以及迭代器的使用等。有了这些基础的教程，用户以及 ......![]()
MindSponge分子动力学模拟——使用迭代器进行系统演化（2023.09）
技术背景 在前面几篇博客中，我们已经介绍过使用MindSponge去定义一个系统以及使用MindSponge计算一个分子系统的单点能。这篇文章我们将介绍一下在MindSponge中定 ......![]()
MindSponge分子动力学模拟——软件架构（2023.08）
技术背景 在前面一篇文章中，我们介绍了MindSponge的两种不同的安装与使用方法，让大家能够上手使用。这篇文章主要讲解MindSponge的软件架构，并且协同mindscience仓 ......![]()
MD笔记
1.力场中的例子电荷是有效电荷（clayff），有别于化学式中的电荷。 2.游离状态的阳离子（如层间阳离子）的电荷不能变动；而Al-O八面体、Si-O四面体中的离子（Al、Si等）电荷 ......![]()
7 Free Energies: 7.4 Umbrella Sampling Example
7.4 Umbrella Sampling Example计算丙氨酸二肽 Phi/Psi 旋转的 PMF http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial17/index.php 1) Generating and Relaxin ......![]()
在VMD上可视化hdf5格式的分子轨迹文件
技术背景 在处理分子动力学模拟的数据时，不可避免的会遇到众多的大轨迹文件。因此以什么样的格式来存储这些庞大的轨迹数据，也是一个在分子动力学模拟软件设计初期 ......![]()
vmd与ovito的对比
1.minimize后，lammps生成的data文件 2.pdb：![]()
javaagent使用指南
今天打算写一下 Javaagent，一开始我对它的概念也比较陌生，后来在别人口中听到 字节码插桩，bTrace，Arthas后面才逐渐了解到Java还提供了这么个工具。 JVM启动前静态 ......![]()
初探Java安全之JavaAgent
Java Agent的出现 在JDK1.5版本开始，Java增加了Instrumentation(Java Agent API)和JVMTI(JVM Tool Interface)功能，该功能可以实现JVM再加载某个class文件对其字 ......![]()
MIME-TYPE 列表
Suffixes applicable Media type and subtype(s) .3dm x-world/x-3dmf .3dmf x-world/x-3dmf .a application/octet-stream .aab application/x-author ......
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