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【豆科基因组】豇豆Cowpea,Vigna unguiculata [L.] Walp.基因组2019PJ
目录 来源 结果 基因组大小估计 采用stitching方法组装 修改豇豆染色体编号 基因注释和重复DNA 豇豆遗传多样性 SNP和INDEL Vu03 上 4.2-Mb 染色体倒位的鉴定 与 ......
基因组
豇豆
基因
测序
组装
coverage report
转载:http://blog.sina.cn/dpool/blog/s/blog_7853c3910102yn77.html VCS仿真可以分成两步法或三步法, 对Mix language, 必须用三步法。我呢,因为运用都是简单的 ......
coverage
test
vdb
cm
load
【豆科基因组】大豆适应性位点GWAS分析 [转载]
目录 材料与方法 结果分析 本文利用99085个高质量SNP 通过STRUCTURE,PCA和neighbour-joining tree的群体结构分析将地方品种分为三个亚群,这些亚群表现出地理上 ......
基因组
开花
GWAS
基因
位点
【百奥云GS专栏】全基因组选择之模型篇
目录 1. 前言 2. BLUP方法 ABLUP GBLUP ssGBLUP RRBLUP 3. 贝叶斯方法 BayesA BayesB BayesC/Cπ/Dπ Bayesian Lasso 4. 机器学习 支持向量机 集成学习 深度学习 5 ......
GS
模型
效应
基因组
矩阵
如何查看显著性SNP在数据中的频率?
我们做完GWAS的关联分析后需要查看显著性SNP在我们数据中的频率分布情况。这时候我们需要用到plink和我们做关系分析所用的二进制文件datas. 第一步,我们用R语言 ......
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数据
SNP
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文件
【GS文献】基因组选择在植物分子育种应用的最新综述(2020)
目录 1. 简介 2. BLUP类模型 3. Bayesian类模型 4. 机器学习 5. GWAS辅助的GS 6. 杂交育种 7. 多性状 8. 长期选择 9. 预测准确性评估 10. GS到植物育种 11. 未来 ......
GS
模型
性状
育种
基因组
GWAS在农业上应用
农业的组学技术应用虽然落后于人的研究,这是什么意义的问题,但有时农业基因组有自己无可比拟的优势,那就是材料。下面介绍GWAS应用。 GWAS(Genome-wide association ......
基因组
GWAS
SNP
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软件工程
Verdi Transaction Debug Mode 简单使用
转载:Verdi Transaction Debug Mode 简单使用_Holden_Liu的博客-CSDN博客 文档与源码: User Guide: Verdi_Transaction_and_Protocol_Debug.pdf in $VERDI_HOME/ ......
tr
Debug
debug
Verdi
Transaction
SNP 过滤(二)
本文转载于https://www.jianshu.com/p/e6d5dd774c6e SNP过滤有两种情况,一种是仅根据位点质量信息(测序深度,回帖质量等)对SNP进行粗过滤。如果使用GATK对重测序 ......
过滤
watermelon
位点
vcf
SNP2
【豆科基因组】鹰嘴豆Chickpea (Cicer arietinum L.)429个自然群体重测序2019NG
目录 一、来源 二、结果 材料测序、变异检测、群体结构和LD衰减 驯化后经历选择的候选基因组区域 起源中心、迁移路线和多样性 GWAS 一、来源 Resequencing of 429 chi ......
基因组
测序
鹰嘴豆
SNP
豆科
V2AS = Way To Ask
V2AS 一个技术分享与创造的静土
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