R 包初学者指南
由于微信不允许外部链接，你需要点击文章尾部左下角的 "阅读原文"，才能访问文中链接。 基于 11 个最常见的用户问题介绍 R 软件包。 R 包是由社区开发 (developed by ......![]()
Bioconductor 中的 R 包安装教程
Bioconductor 是一个基于 R 语言的生物信息软件包，主要用于生物数据的注释、分析、统计、以及可视化(http://www.bioconductor.org)。 总所周知，Bioconductor 是和 R ......![]()
R包开发过程记录
走一遍R包开发过程，并发布到Github上使用。 1. 创建R包框架 Rsutdio ——> File——> New Project——> New Directory ——> R Package 创建完成后，在R包文件夹下有如下 ......![]()
Linux环境下R和R包安装及其管理
R对windows使用很友好，对Linux来说充满了敌意。小数据可以在windows下交互操作，效果很好很棒。可是当我们要处理大数据，或者要在集群上搭建pipeline时，不得不面对在 ......【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结
前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找来用 ......R镜像源的切换
如果是默认的R安装一般会很慢 install.packages(pkgs, lib, repos = getOption("repos"), contriburl = contrib.url(repos, type), method, available = NULL, ......GEO2R
GEO2R 是GEO数据库官方提供的一个工具，用于进行差异表达分析。 该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中，然后进行差异分析，本质是通过以下两个bioc ......Affy包 estrogen包
下载安装 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("affy") BiocManager::install( ......![]()
15、使用ggtree实现进化树的可视化和注释（转载）
本文作者：余光创，目前就读于香港大学公共卫生系，开发过多个R/Bioconductor包，包括ChIPseeker, clusterProfiler, DOSE,ggtree，GOSemSim和ReactomePA。 进化树看起 ......![]()
karyoploteR: 基因组数据可视化 R 包
karyoploteR，是一个适用于所有基因组数据（any data on any genome）非圆环布局（non-circular layouts）的可视化 R/Bioconductor 包。开发该包的团队的目标是致力于 ......![]()
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