用t-SNE进行流形学习(digits数据集)
阅读原文时间:2023年07月11日阅读:2

流行学习算法

  • 是一类用于可视化的算法,它允许进行更复杂的映射,通常也可以给出更好的可视化。
  • t-SNE算法是其中一种。

PCA是用于变换数据的首选方法,也可以进行可视化,但它的性质(先旋转然后减少方向)限制了有效性。因此,我们可以使用流形学习算法进行数据可视化。

t-SNE算法

  • 主要思想:找到数据的一种二维表示,尽可能保持数据点之间的距离(高内聚,低耦合)。

    • 这种方法不知道类别标签,是完全无监督的。

    • 它只能变换用于训练的数据,不支持新数据(没有transform方法),即不能用于测试集。

    • 具有调节参数(perplexity、early_exaggeration),通常默认参数的效果就很好。

(1)了解一下digits数据集

  from sklearn.datasets import load_digits
  from matplotlib import pyplot as plt
  from sklearn.decomposition import PCA
  from sklearn.model_selection import train_test_split
  import numpy as np

  digits = load_digits()

  fig,axes = plt.subplots(2,5,figsize=(10,5),subplot_kw={'xticks':(),'yticks':()})

  #展示前10张图片
  for ax,img in zip(axes.ravel(),digits.images):
      ax.imshow(img)

  print(digits.images.shape)
  print(digits.data.shape)
  print(digits.target_names.shape)

  输出:
  (1797, 8, 8)
  (1797, 64)
  (10,)

在这个数据集中,包含1797张8*8灰度的图像。每个数据点都是一个数字,共有10种类别(数字0~9)

(2)使用PAC作为一个对比

  • 使用PCA将数据集将至二维,并将其可视化。对pca变换后的数据的前两个主成分作图

    pca = PCA(n_components=2)
    pca.fit(digits.data) #t-SNE只能用于训练集
    
    #将数据样本用pca进行转换
    digits_pca = pca.transform(digits.data)
    
    plt.figure(figsize=(10,10))
    plt.xlim(np.min(digits_pca[:,0]),np.max(digits_pca[:,0]))
    plt.ylim(np.min(digits_pca[:,1]),np.max(digits_pca[:,1]))
    
    #将数据点绘制成文本
    for i in range(len(digits.data)):
        plt.text(digits_pca[i,0],digits_pca[i,1],str(digits.target[i]))
    
    plt.xlabel("First Principal component")
    plt.ylabel("Second Principal cpmponent")

  • 用pca可以将数据digits.data降到2维,没分别利用主成分1和主成分2,将数据点可视化至平面(只有两个特征才可作图到二维平面,便于观察)

  • 利用pca前两个主成分可以把数字0,6,4相对较好地分开,但仍有重叠,其他大部分数字大量重叠。

(3)使用t-SNE

  from sklearn.manifold import TSNE

  tsne = TSNE(random_state=42)

  digits_tsne = tsne.fit_transform(digits.data)

  plt.figure(figsize=(10,10))
  plt.xlim(np.min(digits_tsne[:,0]),np.max(digits_tsne[:,0])+1)
  plt.ylim(np.min(digits_tsne[:,1]),np.max(digits_tsne[:,1])+1)

  #将数据点绘制成文本
  for i in range(len(digits.data)):
      plt.text(digits_tsne[i,0],digits_tsne[i,1],str(digits.target[i]))

  plt.xlabel("t-SNE feature 0")
  plt.ylabel("t-SNE feature 1")

  • 可以发现t-SNEde结果很棒,所有的类别都被明确地分开,形成密集的组

  • 找到数据的一种二维表示,仅根据原始空间中数据点之间的靠近程度就能将各个类别明确分开

(4)关于matplotlib.pylot.text

在本次实验代码中,用到了plt.text()方法将降维后的数据在二维平面上用文本画出。

ps:

利用散点图也能可视化我们上述的二维数据,但是不直观,因为类别太多了。

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