前段时间工作中用到了MXnet,然而MXnet的文档写的实在是…..所以在这记录点东西,方便自己,也方便大家。
一、MXnet的安装及使用
开源地址:https://github.com/dmlc/mxnet
如下是单节点的具体安装和实验流程,参考于官方文档:http://mxnt.ml/en/latest/build.html#building-on-linux
1.1、基本依赖的安装
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y build-essential git libblas-dev libopencv-dev
1.2、下载mxnet
git clone --recursive https://github.com/dmlc/mxnet
1.3、安装cuda
详见博客:http://blog.csdn.net/a350203223/article/details/50262535
1.4、编译支持GPU的MXnet
将mxnet/目录里找到mxnet/make/子目录,把该目录下的config.mk复制到mxnet/目录,用文本编辑器打开,找到并修改以下两行:
USE_CUDA = 1
USE_CUDA_PATH = /usr/local/cuda
修改之后,在mxnet/目录下编译
make -j4
1.5、安装Python支持
cd python;
python setup.py install
有些时候需要安装setuptools和numpy(sudo apt-get install python-numpy)。
1.6、运行Mnist手写体识别实例
MNIST手写数字识别,数据集包含6万个手写数字的训练数据集以及1万个测试数据集,每个图片是28x28的灰度图。在mxnet/example/image-classification里可以找到MXnet自带MNIST的识别样例,我们可以先运行一下试试:
cd mxnet/example/image-classification
python train_mnist.py
在第一次运行的时候会自动下载MNIST数据集。
以上的命令是使用默认的参数运行,即使用mlp网络,在cpu上计算。
如果使用lenet网络,在GPU上实现加速,则使用如下命令:
python train_mnist.py --gpus 0 --network lenet
想要搞清楚一个框架怎么使用,第一步就是用它来训练自己的数据,这是个很关键的一步。
二、MXnet数据预处理
整个数据预处理的代码都集成在了toosl/im2rec.py中了,这个首先要造出一个list文件,lst文件有三列,分别是index label 图片路径。如下图所示:
我这个label是瞎填的,所以都是0。另外最新的MXnet上面的im2rec是有问题的,它生成的list所有的index都是0,不过据说这个index没什么用…..但我还是改了一下。把yield生成器换成直接append即可。
执行的命令如下:
sudo python im2rec.py --list=True /home/erya/dhc/result/try /home/erya/dhc/result/ --recursive=True --shuffle=true --train-ratio=0.8
每个参数的意义在代码内部都可以查到,简单说一下这里用到的:--list=True说明这次的目的是make list,后面紧跟的是生成的list的名字的前缀,我这里是加了路径,然后是图片所在文件夹的路径,recursive是是否迭代的进入文件夹读取图片,--train-ratio则表示train和val在数据集中的比例。
执行上面的命令后,会得到三个文件:
然后再执行下面的命令生成最后的rec文件:
sudo python im2rec.py /home/erya/dhc/result/try_val.lst /home/erya/dhc/result --quality=100
以及,sudo python im2rec.py /home/erya/dhc/result/try_train.lst /home/erya/dhc/result --quality=100
来生成相应的lst文件的rec文件,参数意义太简单就不说了..看着就明白,result是我存放图片的目录。
这样最终就完成了数据的预处理,简单的说,就是先生成lst文件,这个其实完全可以自己做,而且后期我做segmentation的时候,label就是图片了..
三、非常简单的小demo
先上代码:
import mxnet as mx
import logging
import numpy as np
logger = logging.getLogger()
logger.setLevel(logging.DEBUG)#暂时不需要管的log
def ConvFactory(data, num_filter, kernel, stride=(1,1), pad=(0, 0), act_type="relu"):
conv = mx.symbol.Convolution(data=data, workspace=256,
num_filter=num_filter, kernel=kernel, stride=stride, pad=pad)
return conv #我把这个删除到只有一个卷积的操作
def DownsampleFactory(data, ch_3x3):
# conv 3x3
conv = ConvFactory(data=data, kernel=(3, 3), stride=(2, 2), num_filter=ch_3x3, pad=(1, 1))
# pool
pool = mx.symbol.Pooling(data=data, kernel=(3, 3), stride=(2, 2), pool_type='max')
# concat
concat = mx.symbol.Concat(*[conv, pool])
return concat
def SimpleFactory(data, ch_1x1, ch_3x3):
# 1x1
conv1x1 = ConvFactory(data=data, kernel=(1, 1), pad=(0, 0), num_filter=ch_1x1)
# 3x3
conv3x3 = ConvFactory(data=data, kernel=(3, 3), pad=(1, 1), num_filter=ch_3x3)
#concat
concat = mx.symbol.Concat(*[conv1x1, conv3x3])
return concat
if __name__ == "__main__":
batch_size = 1
train_dataiter = mx.io.ImageRecordIter(
shuffle=True,
path_imgrec="/home/erya/dhc/result/try_train.rec",
rand_crop=True,
rand_mirror=True,
data_shape=(3,28,28),
batch_size=batch_size,
preprocess_threads=1)#这里是使用我们之前的创造的数据,简单的说就是要自己写一个iter,然后把相应的参数填进去。
test_dataiter = mx.io.ImageRecordIter(
path_imgrec="/home/erya/dhc/result/try_val.rec",
rand_crop=False,
rand_mirror=False,
data_shape=(3,28,28),
batch_size=batch_size,
round_batch=False,
preprocess_threads=1)#同理
data = mx.symbol.Variable(name="data")
conv1 = ConvFactory(data=data, kernel=(3,3), pad=(1,1), num_filter=96, act_type="relu")
in3a = SimpleFactory(conv1, 32, 32)
fc = mx.symbol.FullyConnected(data=in3a, num_hidden=10)
softmax = mx.symbol.SoftmaxOutput(name='softmax',data=fc)#上面就是定义了一个巨巨巨简单的结构
# For demo purpose, this model only train 1 epoch
# We will use the first GPU to do training
num_epoch = 1
model = mx.model.FeedForward(ctx=mx.gpu(), symbol=softmax, num_epoch=num_epoch,
learning_rate=0.05, momentum=0.9, wd=0.00001) #将整个model训练的架构定下来了,类似于caffe里面solver所做的事情。
model.fit(X=train_dataiter,
eval_data=test_dataiter,
eval_metric="accuracy",
batch_end_callback=mx.callback.Speedometer(batch_size))#开跑数据。
四、detaiter
MXnet的设计结构是C++做后端运算,python、R等做前端来使用,这样既兼顾了效率,又让使用者方便了很多,完整的使用MXnet训练自己的数据集需要了解几个方面。今天我们先谈一谈Data iterators。
MXnet中的data iterator和python中的迭代器是很相似的, 当其内置方法next被call的时候它每次返回一个 data batch。所谓databatch,就是神经网络的输入和label,一般是(n, c, h, w)的格式的图片输入和(n, h, w)或者标量式样的label。直接上官网上的一个简单的例子来说说吧。
import numpy as np
class SimpleIter:
def __init__(self, data_names, data_shapes, data_gen,
label_names, label_shapes, label_gen, num_batches=10):
self._provide_data = zip(data_names, data_shapes)
self._provide_label = zip(label_names, label_shapes)
self.num_batches = num_batches
self.data_gen = data_gen
self.label_gen = label_gen
self.cur_batch = 0
def \_\_iter\_\_(self):
return self
def reset(self):
self.cur\_batch = 0
def \_\_next\_\_(self):
return self.next()
@property
def provide\_data(self):
return self.\_provide\_data
@property
def provide\_label(self):
return self.\_provide\_label
def next(self):
if self.cur\_batch < self.num\_batches:
self.cur\_batch += 1
data = \[mx.nd.array(g(d\[1\])) for d,g in zip(self.\_provide\_data, self.data\_gen)\]
assert len(data) > 0, "Empty batch data."
label = \[mx.nd.array(g(d\[1\])) for d,g in zip(self.\_provide\_label, self.label\_gen)\]
assert len(label) > 0, "Empty batch label."
return SimpleBatch(data, label)
else:
raise StopIteration
上面的代码是最简单的一个dataiter了,没有对数据的预处理,甚至于没有自己去读取数据,但是基本的意思是到了,一个dataiter必须要实现上面的几个方法,provide_data返回的格式是(dataname, batchsize, channel, width, height), provide_label返回的格式是(label_name, batchsize, width, height),reset()的目的是在每个epoch后打乱读取图片的顺序,这样随机采样的话训练效果会好一点,一般情况下是用shuffle你的lst(上篇用来读取图片的lst)实现的,next()的方法就很显然了,用来返回你的databatch,如果出现问题…记得raise stopIteration,这里或许用try更好吧…需要注意的是,databatch返回的数据类型是mx.nd.ndarry。
下面是我最近做segmentation的时候用的一个稍微复杂的dataiter,多了预处理和shuffle等步骤:
# pylint: skip-file
import random
import cv2
import mxnet as mx
import numpy as np
import os
from mxnet.io import DataIter, DataBatch
class FileIter(DataIter): #一般都是继承DataIter
"""FileIter object in fcn-xs example. Taking a file list file to get dataiter.
in this example, we use the whole image training for fcn-xs, that is to say
we do not need resize/crop the image to the same size, so the batch_size is
set to 1 here
Parameters
----------
root_dir : string
the root dir of image/label lie in
flist_name : string
the list file of iamge and label, every line owns the form:
index \t image_data_path \t image_label_path
cut_off_size : int
if the maximal size of one image is larger than cut_off_size, then it will
crop the image with the minimal size of that image
data_name : string
the data name used in symbol data(default data name)
label_name : string
the label name used in symbol softmax_label(default label name)
"""
def \_\_init\_\_(self, root\_dir, flist\_name, rgb\_mean=(117, 117, 117),
data\_name="data", label\_name="softmax\_label", p=None):
super(FileIter, self).\_\_init\_\_()
self.fac = p.fac #这里的P是自己定义的config
self.root\_dir = root\_dir
self.flist\_name = os.path.join(self.root\_dir, flist\_name)
self.mean = np.array(rgb\_mean) # (R, G, B)
self.data\_name = data\_name
self.label\_name = label\_name
self.batch\_size = p.batch\_size
self.random\_crop = p.random\_crop
self.random\_flip = p.random\_flip
self.random\_color = p.random\_color
self.random\_scale = p.random\_scale
self.output\_size = p.output\_size
self.color\_aug\_range = p.color\_aug\_range
self.use\_rnn = p.use\_rnn
self.num\_hidden = p.num\_hidden
if self.use\_rnn:
self.init\_h\_name = 'init\_h'
self.init\_h = mx.nd.zeros((self.batch\_size, self.num\_hidden))
self.cursor = -1
self.data = mx.nd.zeros((self.batch\_size, 3, self.output\_size\[0\], self.output\_size\[1\]))
self.label = mx.nd.zeros((self.batch\_size, self.output\_size\[0\] / self.fac, self.output\_size\[1\] / self.fac))
self.data\_list = \[\]
self.label\_list = \[\]
self.order = \[\]
self.dict = {}
lines = file(self.flist\_name).read().splitlines()
cnt = 0
for line in lines: #读取lst,为后面读取图片做好准备
\_, data\_img\_name, label\_img\_name = line.strip('\\n').split("\\t")
self.data\_list.append(data\_img\_name)
self.label\_list.append(label\_img\_name)
self.order.append(cnt)
cnt += 1
self.num\_data = cnt
self.\_shuffle()
def \_shuffle(self):
random.shuffle(self.order)
def \_read\_img(self, img\_name, label\_name):
# 这个是在服务器上跑的时候,因为数据集很小,而且经常被同事卡IO,所以我就把数据全部放进了内存
if os.path.join(self.root_dir, img_name) in self.dict:
img = self.dict[os.path.join(self.root_dir, img_name)]
else:
img = cv2.imread(os.path.join(self.root_dir, img_name))
self.dict[os.path.join(self.root_dir, img_name)] = img
if os.path.join(self.root\_dir, label\_name) in self.dict:
label = self.dict\[os.path.join(self.root\_dir, label\_name)\]
else:
label = cv2.imread(os.path.join(self.root\_dir, label\_name),0)
self.dict\[os.path.join(self.root\_dir, label\_name)\] = label
# 下面是读取图片后的一系统预处理工作
if self.random_flip:
flip = random.randint(0, 1)
if flip == 1:
img = cv2.flip(img, 1)
label = cv2.flip(label, 1)
# scale jittering
scale = random.uniform(self.random_scale[0], self.random_scale[1])
new_width = int(img.shape[1] * scale) #
new_height = int(img.shape[0] * scale) # new_width * img.size[1] / img.size[0]
img = cv2.resize(img, (new_width, new_height), interpolation=cv2.INTER_NEAREST)
label = cv2.resize(label, (new_width, new_height), interpolation=cv2.INTER_NEAREST)
#img = cv2.resize(img, (900,450), interpolation=cv2.INTER_NEAREST)
#label = cv2.resize(label, (900, 450), interpolation=cv2.INTER_NEAREST)
if self.random_crop:
start_w = np.random.randint(0, img.shape[1] - self.output_size[1] + 1)
start_h = np.random.randint(0, img.shape[0] - self.output_size[0] + 1)
img = img[start_h : start_h + self.output_size[0], start_w : start_w + self.output_size[1], :]
label = label[start_h : start_h + self.output_size[0], start_w : start_w + self.output_size[1]]
if self.random_color:
img = cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_BGR2HSV)
hue = random.uniform(-self.color_aug_range[0], self.color_aug_range[0])
sat = random.uniform(-self.color_aug_range[1], self.color_aug_range[1])
val = random.uniform(-self.color_aug_range[2], self.color_aug_range[2])
img = np.array(img, dtype=np.float32)
img[…, 0] += hue
img[…, 1] += sat
img[…, 2] += val
img[…, 0] = np.clip(img[…, 0], 0, 255)
img[…, 1] = np.clip(img[…, 1], 0, 255)
img[…, 2] = np.clip(img[…, 2], 0, 255)
img = cv2.cvtColor(img.astype('uint8'), cv2.COLOR_HSV2BGR)
is_rgb = True
#cv2.imshow('main', img)
#cv2.waitKey()
#cv2.imshow('maain', label)
#cv2.waitKey()
img = np.array(img, dtype=np.float32) # (h, w, c)
reshaped_mean = self.mean.reshape(1, 1, 3)
img = img - reshaped_mean
img[:, :, :] = img[:, :, [2, 1, 0]]
img = img.transpose(2, 0, 1)
# img = np.expand_dims(img, axis=0) # (1, c, h, w)
label\_zoomed = cv2.resize(label, None, fx = 1.0 / self.fac, fy = 1.0 / self.fac)
label\_zoomed = label\_zoomed.astype('uint8')
return (img, label\_zoomed)
@property
def provide\_data(self):
"""The name and shape of data provided by this iterator"""
if self.use\_rnn:
return \[(self.data\_name, (self.batch\_size, 3, self.output\_size\[0\], self.output\_size\[1\])),
(self.init\_h\_name, (self.batch\_size, self.num\_hidden))\]
else:
return \[(self.data\_name, (self.batch\_size, 3, self.output\_size\[0\], self.output\_size\[1\]))\]
@property
def provide\_label(self):
"""The name and shape of label provided by this iterator"""
return \[(self.label\_name, (self.batch\_size, self.output\_size\[0\] / self.fac, self.output\_size\[1\] / self.fac))\]
def get\_batch\_size(self):
return self.batch\_size
def reset(self):
self.cursor = -self.batch\_size
self.\_shuffle()
def iter\_next(self):
self.cursor += self.batch\_size
return self.cursor < self.num\_data
def \_getpad(self):
if self.cursor + self.batch\_size > self.num\_data:
return self.cursor + self.batch\_size - self.num\_data
else:
return 0
def \_getdata(self):
"""Load data from underlying arrays, internal use only"""
assert(self.cursor < self.num\_data), "DataIter needs reset."
data = np.zeros((self.batch\_size, 3, self.output\_size\[0\], self.output\_size\[1\]))
label = np.zeros((self.batch\_size, self.output\_size\[0\] / self.fac, self.output\_size\[1\] / self.fac))
if self.cursor + self.batch\_size <= self.num\_data:
for i in range(self.batch\_size):
idx = self.order\[self.cursor + i\]
data\_, label\_ = self.\_read\_img(self.data\_list\[idx\], self.label\_list\[idx\])
data\[i\] = data\_
label\[i\] = label\_
else:
for i in range(self.num\_data - self.cursor):
idx = self.order\[self.cursor + i\]
data\_, label\_ = self.\_read\_img(self.data\_list\[idx\], self.label\_list\[idx\])
data\[i\] = data\_
label\[i\] = label\_
pad = self.batch\_size - self.num\_data + self.cursor
#for i in pad:
for i in range(pad):
idx = self.order\[i\]
data\_, label\_ = self.\_read\_img(self.data\_list\[idx\], self.label\_list\[idx\])
data\[i + self.num\_data - self.cursor\] = data\_
label\[i + self.num\_data - self.cursor\] = label\_
return mx.nd.array(data), mx.nd.array(label)
def next(self):
"""return one dict which contains "data" and "label" """
if self.iter\_next():
data, label = self.\_getdata()
data = \[data, self.init\_h\] if self.use\_rnn else \[data\]
label = \[label\]
return DataBatch(data=data, label=label,
pad=self.\_getpad(), index=None,
provide\_data=self.provide\_data,
provide\_label=self.provide\_label)
else:
raise StopIteration
到这里基本上正常的训练我们就可以开始了,但是当你有了很多新的想法的时候,你又会遇到新的问题…比如:multi input/output怎么办?
其实也很简单,只需要修改几个地方:
1、provide_label和provide_data,注意到之前我们的return都是一个list,所以之间在里面添加和之前一样的格式就行了。
2. next() 如果你需要传 data和depth两个输入,只需要传 input = sum([[data],[depth],[]])到databatch的data就行了,label也同理。
值得一提的时候,MXnet的multi loss实现起来需要在写network的symbol的时候注意一点,假设你有softmax_loss和regression_loss。那么只要在最后return mx.symbol.Group([softmax_loss, regression_loss])。
我们在MXnet中定义好symbol、写好dataiter并且准备好data之后,就可以开开心的去训练了。一般训练一个网络有两种常用的策略,基于model的和基于module的。接下来谈一谈他们的使用。
五、Model
按照老规矩,直接从官方文档里面拿出来的代码看一下:
# configure a two layer neuralnetwork
data = mx.symbol.Variable('data')
fc1 = mx.symbol.FullyConnected(data, name='fc1', num_hidden=128)
act1 = mx.symbol.Activation(fc1, name='relu1', act_type='relu')
fc2 = mx.symbol.FullyConnected(act1, name='fc2', num_hidden=64)
softmax = mx.symbol.SoftmaxOutput(fc2, name='sm')
#创建一个model
model = mx.model.FeedForward(
softmax,
num_epoch=num_epoch,
learning_rate=0.01)
#开始训练
model.fit(X=data_set)
具体的API参照http://mxnet.io/api/python/model.html。
然后呢,model这部分就说完了。。。之所以这么快主要有两个原因:
1.确实东西不多,一般都是查一查文档就可以了。
2.model的可定制性不强,一般我们是很少使用的,常用的还是module。
六、Module
Module真的是一个很棒的东西,虽然深入了解后,你会觉得“哇,好厉害,但是感觉没什么鸟用呢”这种想法。。实际上我就有过,现在回想起来,从代码的设计和使用的角度来讲,Module确实是一个非常好的东西,它可以为我们的网络计算提高了中级、高级的接口,这样一来,就可以有很多的个性化配置让我们自己来做了。
Module有四种状态:
1.初始化状态,就是显存还没有被分配,基本上啥都没做的状态。
2.binded,在把data和label的shape传到Bind函数里并且执行之后,显存就分配好了,可以准备好计算能力。
3.参数初始化。就是初始化参数
3.Optimizer installed 。就是传入SGD,Adam这种optimuzer中去进行训练
先上一个简单的代码:
import mxnet as mx
# construct a simple MLP
data = mx.symbol.Variable('data')
fc1 = mx.symbol.FullyConnected(data, name='fc1', num\_hidden=128)
act1 = mx.symbol.Activation(fc1, name='relu1', act\_type="relu")
fc2 = mx.symbol.FullyConnected(act1, name = 'fc2', num\_hidden = 64)
act2 = mx.symbol.Activation(fc2, name='relu2', act\_type="relu")
fc3 = mx.symbol.FullyConnected(act2, name='fc3', num\_hidden=10)
out = mx.symbol.SoftmaxOutput(fc3, name = 'softmax')
# construct the module
mod = mx.mod.Module(out)
mod.bind(data\_shapes=train\_dataiter.provide\_data,
label\_shapes=train\_dataiter.provide\_label)
mod.init\_params()
mod.fit(train\_dataiter, eval\_data=eval\_dataiter,
optimizer\_params={'learning\_rate':0.01, 'momentum': 0.9},
num\_epoch=n\_epoch)
分析一下:首先是定义了一个简单的MLP,symbol的名字就叫做out,然后可以直接用mx.mod.Module来创建一个mod。之后mod.bind的操作是在显卡上分配所需的显存,所以我们需要把data_shapehe label_shape传递给他,然后初始化网络的参数,再然后就是mod.fit开始训练了。这里补充一下。fit这个函数我们已经看见两次了,实际上它是一个集成的功能,mod.fit()实际上它内部的核心代码是这样的:
for epoch in range(begin_epoch, num_epoch):
tic = time.time()
eval_metric.reset()
for nbatch, data_batch in enumerate(train_data):
if monitor is not None:
monitor.tic()
self.forward_backward(data_batch) #网络进行一次前向传播和后向传播
self.update() #更新参数
self.update_metric(eval_metric, data_batch.label) #更新metric
if monitor is not None:
monitor.toc\_print()
if batch\_end\_callback is not None:
batch\_end\_params = BatchEndParam(epoch=epoch, nbatch=nbatch,
eval\_metric=eval\_metric,
locals=locals())
for callback in \_as\_list(batch\_end\_callback):
callback(batch\_end\_params)
正是因为module里面我们可以使用很多intermediate的interface,所以可以做出很多改进,举个最简单的例子:如果我们的训练网络是大小可变怎么办? 我们可以实现一个mutumodule,基本上就是,每次data的shape变了的时候,我们就重新bind一下symbol,这样训练就可以照常进行了。
总结:实际上学一个框架的关键还是使用它,要说诀窍的话也就是多看看源码和文档了,我写这些博客的目的,一是为了记录一些东西,二是让后来者少走一些弯路。所以有些东西不会说的很全。。
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