Bioconductor 是一个基于 R 语言的生物信息软件包，主要用于生物数据的注释、分析、统计、以及可视化(http://www.bioconductor.org)。

总所周知，Bioconductor 是和 R 版本绑定的，这是为了确保用户不把包安装在错误的版本上。Bioconductor 发行版每年更新两次，它在任何时候都有一个发行版本(release version)，对应于 R 的发行版本。此外，Bioconductor 还有一个开发版本(development version)，它对应于 R 的开发版本。

R 每年（通常是 4 月中旬）在 ‘x.y.z’ 中发布一个 ‘.y’ 版本，但 Bioconductor 每 6 个月（4 月中旬和 10 月中旬）发布一个 ‘.y’ 版本。

Bioconductor 与 R 各自对应的版本如下：（Bioconductor releases） 

biocLite

在 R==3.5（Bioconductor-3.7 前，Bioconductor 都是通过 biocLite 安装相关的 R 包：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite(pkg_name)

但是，从 R-3.5（Bioconductor-3.8）起，Bioconductor 更改了 R 包的安装方式：它们通过发布在 CRAN 的 BiocManager 包来对 Bioconductor 的包进行安装和管理——通过 CRAN 安装 BiocManager，再通过这个包来安装 Bioconductor 的包。

BiocManager

安装 BiocManager 包

chooseCRANmirror()install.packages("BiocManager")

安装 Bioconductor (or CRAN) 的 R 包

BiocManager::install(c("GenomicRanges", "Organism.dplyr"))

更新所有已经安装的 R 包到最新版本

BiocManager::install()

查看 Bioconductor 的版本

BiocManager::version()## '3.8'

旧和意外版本的 R 包

当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。 使用 valid() 来查看过期（out-of-date）或意外版本（unexpected versions）的 R 包。

BiocManager::valid()## Warning: 21 packages out-of-date; 2 packages too new## ## * sessionInfo()## ## R Under development (unstable) (2018-11-02 r75540)## Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)## Running under: Ubuntu 18.04.1 LTS## ## Matrix products: default## BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1## LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1## ## locale:##  [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              ##  [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=C              ##  [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   ##  [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 ##  [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            ## [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       ## ## attached base packages:## [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     ## ## other attached packages:## [1] BiocStyle_2.11.0## ## loaded via a namespace (and not attached):##  [1] Rcpp_1.0.0         bookdown_0.7       digest_0.6.18     ##  [4] rprojroot_1.3-2    backports_1.1.2    magrittr_1.5      ##  [7] evaluate_0.12      stringi_1.2.4      rmarkdown_1.10    ## [10] tools_3.6.0        stringr_1.3.1      xfun_0.4          ## [13] yaml_2.2.0         compiler_3.6.0     BiocManager_1.30.4## [16] htmltools_0.3.6    knitr_1.20        ## ## Bioconductor version '3.9'## ##   * 21 packages out-of-date##   * 2 packages too new## ## create a valid installation with## ##   BiocManager::install(c(##     "BiocManager", "GenomicDataCommons", "GenomicRanges", "IRanges",##     "RJSONIO", "RcppArmadillo", "S4Vectors", "TCGAbiolinks", "TCGAutils",##     "TMB", "biocViews", "biomaRt", "bumphunter", "curatedMetagenomicData",##     "dimRed", "dplyr", "flowCore", "ggpubr", "ggtree", "lme4", "rcmdcheck",##     "shinyFiles", "tximportData"##   ), update = TRUE, ask = FALSE)## ## more details: BiocManager::valid()$too_new, BiocManager::valid()$out_of_date

valid() 返回一个对象，可以查询该对象以获取有关无效包的详细信息：

> v <- valid()Warning message:6 packages out-of-date; 0 packages too new> names(v)[1] "out_of_date" "too_new"> head(v$out_of_date, 2) &nbsp; &nbsp;Package LibPathbit "bit" &nbsp; "/home/shenweiyan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5-Bioc-3.8"ff &nbsp;"ff" &nbsp; &nbsp;"/home/shenweiyan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5-Bioc-3.8" &nbsp; &nbsp;Installed Built &nbsp; ReposVer Repositorybit "1.1-12" &nbsp;"3.5.0" "1.1-13" "https://cran.rstudio.com/src/contrib"ff &nbsp;"2.2-13" &nbsp;"3.5.0" "2.2-14" "https://cran.rstudio.com/src/contrib">

适用的 R 包

可以使用 available() 发现适用于我们的 Bioconductor 版本的软件包; 第一个参数是可用于根据正则表达式过滤包名称，例如，可用于 Homo sapiens 的 ‘BSgenome’ 包：

avail <- BiocManager::available()length(avail)## [1] 16261BiocManager::available("BSgenome.Hsapiens")## &nbsp;[1] "BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5"## &nbsp;[2] "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38" &nbsp; &nbsp; &nbsp; ## &nbsp;[3] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17" &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ## &nbsp;[4] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17.masked" &nbsp;## &nbsp;[5] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18" &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ## &nbsp;[6] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18.masked" &nbsp;## &nbsp;[7] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19" &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ## &nbsp;[8] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked" &nbsp;## &nbsp;[9] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38" &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ## [10] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.masked"

Bioconductor 中安装旧版本的 R 包

对于 R >= 3.5，Bioconductor-3.8 可以使用 BiocManager 安装相关与版本匹配的 R 包。那么使用 3.5 以下 R 版本的用户是继续使用 biocLite，还是 BiocManager，还是其他的方法安装匹配相关版本的 R 包呢？

首先，biocLite 和 BiocManager 不适用 R < 3.5。

> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")Bioconductor version 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), ?biocLite for helpA new version of Bioconductor is available after installing the most recent  version of R; see http://bioconductor.org/install> biocLite("clusterProfile")......Warning message:package ‘clusterProfile’ is not available (for R version 3.4.3)> chooseCRANmirror()> install.packages("BiocManager")Warning message:package ‘BiocManager’ is not available (for R version 3.4.3) >

其次，对于 R < 3.5.0，Bioconductor 推荐使用以下命令安装相应的 R 包。

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")BiocInstaller::biocLite(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))

Bioconductor 安装旧版本 clusterProfiler

在 Aanconda2 环境 R==3.4.3 中安装 clusterProfiler，发现 package ‘clusterProfile’ is not available (for R version 3.4.3)。

> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")Bioconductor version 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), ?biocLite for helpA new version of Bioconductor is available after installing the most recent  version of R; see http://bioconductor.org/install> biocLite("clusterProfile")BioC_mirror: https://bioconductor.orgUsing Bioconductor 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), R 3.4.3 (2017-11-30).Installing package(s) ‘clusterProfile’Old packages: 'ade4', 'ape', 'backports', 'caret', ......Update all/some/none? [a/s/n]: nWarning message:package ‘clusterProfile’ is not available (for R version 3.4.3)

使用 BiocInstaller 安装 clusterProfiler：

> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")Bioconductor version 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), ?biocLite for helpA new version of Bioconductor is available after installing the most recent  version of R; see http://bioconductor.org/install> BiocInstaller::biocLite("clusterProfiler")BioC_mirror: https://bioconductor.orgUsing Bioconductor 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), R 3.4.3 (2017-11-30).Installing package(s) ‘clusterProfiler’trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.6/bioc/src/contrib/clusterProfiler_3.6.0.tar.gz'Content type 'application/x-gzip' length 4478098 bytes (4.3 MB)==================================================downloaded 4.3 MB* installing *source* package ‘clusterProfiler’ ...** R** data** inst** byte-compile and prepare package for lazy loading** help*** installing help indices** building package indices** installing vignettes** testing if installed package can be loaded* DONE (clusterProfiler)> packageVersion('clusterProfiler')[1] ‘3.6.0’

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