推荐R语言界的国内大佬于淼写的代谢组学workflow，包含了大部分代谢组学（以及暴露组）的数据分析方法。

Meta-Workflow

主要内容包括：

• Sample collection
• Pretreatment
• Principles of metabolomics data analysis
• Software selection
• Batch correction
• Annotation
• Omics analysis
• Exposome

顺便附上大佬的博客：

https://yufree.cn/

科学网：

http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=430956&do=blog&view=me&from=space&page=1