JupyterLab Server 搭建与使用笔记

阅读原文时间：2023年08月02日阅读：1

两三个月前，有幸拿到了云筏的一个 4 核 16G，1TB硬盘，300M带宽位于欧洲的云服务器，自带的开箱即用的 RStudio Server 也非常给力，但最近这两天在升级 R 的时候遇上了不少问题，也懒得去折腾了，于是想把 RStudio Server 替换成自己比较熟悉的 JupyterLab Server，这是一些折腾的笔记记录。

JupyterLab is a next-generation web-based user interface for Project Jupyter. JupyterLab enables you to work with documents and activities such as Jupyter notebooks, text editors, terminals, and custom components in a flexible, integrated, and extensible manner.

JupyterLab 可以通过conda，pip，pipenvordocker的方式安装。

#&nbsp;condaconda&nbsp;install&nbsp;-c&nbsp;conda-forge&nbsp;jupyterlab#&nbsp;pippip&nbsp;install&nbsp;jupyterlab

nb_conda_kernels 是一个 Jupyter 的扩展功能（extension），可以管理多个 Conda 环境下的 Jupyter 核心（kernels），整合多 Conda 环境中各种不同版本的 Python 或 R 等语言。

1.1 安裝 nb_conda_kernels

nb_conda_kernels 必须安装在在 Jupyter（Jupyter Notebook 或 JupyterLab）所在的 Conda 环境中，可以直接放在 base 环境中，或是另外建立独立的 Conda 环境亦可。

这里我们建立一哥新的 Conda 环境，专门用于放置 JupyterLab：

#&nbsp;建立&nbsp;Conda&nbsp;环境，并安裝&nbsp;JupyterLabconda&nbsp;create&nbsp;--name&nbsp;jupyterlab&nbsp;python=3.7&nbsp;jupyterlab

在此 Conda 环境加装 nb_conda_kernels 扩展功能套件：

#&nbsp;安装&nbsp;nb_conda_kernels&nbsp;扩展功能套件conda&nbsp;install&nbsp;--name&nbsp;jupyterlab&nbsp;nb_conda_kernels

1.2 安装 Jupyter Kernels

所有需要在 Jupyter 中透过nb_conda_kernels来使用 Conda 环境，都需要安装对应语言的的 Jupyter 核心（kernels）。

建立一个 Python 2.7 的 Conda 环境：

#&nbsp;建立&nbsp;Python&nbsp;2.7&nbsp;的&nbsp;Conda&nbsp;环境conda&nbsp;create&nbsp;--name&nbsp;Python2&nbsp;python=2.7.18#&nbsp;安装&nbsp;Python&nbsp;的&nbsp;Jupyter&nbsp;核心conda&nbsp;install&nbsp;--name&nbsp;Python&nbsp;ipykernel

建立一个 R-4.0.2 的 Conda 环境：

#&nbsp;建立&nbsp;R&nbsp;4.0.2&nbsp;的&nbsp;Conda&nbsp;环境conda&nbsp;create&nbsp;--name&nbsp;R-4.0.2&nbsp;--channel&nbsp;r&nbsp;r-essentials=4.0.2&nbsp;r-base=4.0.2#&nbsp;安装&nbsp;R&nbsp;的&nbsp;Jupyter&nbsp;核心conda&nbsp;install&nbsp;--name&nbsp;R-4.0.2&nbsp;--channel&nbsp;r&nbsp;r-irkernel

安装好所有的 Conda 环境以及对应的 Jupyter 核心之后，就可以依照一般的方式启动 JupyterLab：

#&nbsp;载入&nbsp;Jupyter&nbsp;的&nbsp;Conda&nbsp;环境(下面两种方式都可以激活)$&nbsp;conda&nbsp;activate&nbsp;jupyterlab&nbsp;$&nbsp;source&nbsp;activate&nbsp;jupyterlab#&nbsp;启动&nbsp;JupyterLab$&nbsp;jupyter&nbsp;lab&nbsp;--ip&nbsp;0.0.0.0&nbsp;--port&nbsp;9090

JupyterLab 各种 Conda 环境与语言版本

这样就可以在单一一个 JupyterLab 界面中同时使用不同 Conda 环境下的各种语言与版本了。

3.1 进入 ipython 环境，生成秘钥

假设你已经进入了 ipython 环境，参考下面的操作生成秘钥。

In&nbsp;[1]:&nbsp;from&nbsp;notebook.auth&nbsp;import&nbsp;passwdIn&nbsp;[2]:&nbsp;passwd()Enter&nbsp;password:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;#填写你的密码（用于访问jupyterlab的密码）Verify&nbsp;password:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;#再次填写你的密码Out[2]:&nbsp;'argon2:$argon2id$v=19$m=10240,t=10,p=8$ShdM5...vHBHA$EUCjIE1L8joDbugmWIDqLw'#这是你的密码生成的密钥

3.2 生成 jupyterlab 配置文件

使用--generate-config参数，生成 jupyterlab 配置文件。

$&nbsp;jupyter&nbsp;lab&nbsp;--generate-configWriting&nbsp;default&nbsp;config&nbsp;to:&nbsp;/home/shenweiyan/.jupyter/jupyter_notebook_config.py

3.3 修改配置文件

JupyterLab 默认配置文件位于~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py。

更改内容如下：

#&nbsp;将ip设置为*，允许任何IP访问c.NotebookApp.ip&nbsp;=&nbsp;'*'#&nbsp;这里的密码填写上面生成的密钥c.NotebookApp.password&nbsp;=&nbsp;'argon2:$argon2id$v=19$m=10240,t=10,p=8$ShdM5...vHBHA$EUCjIE1L8joDbugmWIDqLw'#&nbsp;禁止用host的浏览器打开jupyterc.NotebookApp.open_browser&nbsp;=&nbsp;False&nbsp;#&nbsp;监听端口设置为8888或其他c.NotebookApp.port&nbsp;=&nbsp;8888#&nbsp;允许远程访问&nbsp;c.NotebookApp.allow_remote_access&nbsp;=&nbsp;True

接下来输入jupyter lab 就可以启动 jupyter-lab 服务啦！

下面是 JupyterLab 通过 nginx 转发的一个示例。

upstream&nbsp;jupyter&nbsp;{&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;server&nbsp;127.0.0.1:9090;}server&nbsp;{&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;listen&nbsp;80;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;server_name&nbsp;jupyter.bioitee.com;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;rewrite&nbsp;^/(.*)&nbsp;https://jupyter.bioitee.com/$1&nbsp;permanent;}server{&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;listen&nbsp;443&nbsp;ssl;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;index&nbsp;index.html&nbsp;index.htm&nbsp;index.php&nbsp;default.html&nbsp;default.htm&nbsp;default.php;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;server_name&nbsp;jupyter.bioitee.com;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;root&nbsp;/data/apps/jupyterlab/notebooks;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ssl_certificate&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;../certs/4564529_jupyter.bioitee.com.pem;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ssl_certificate_key&nbsp;&nbsp;../certs/4564529_jupyter.bioitee.com.key;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ssl_ciphers&nbsp;"EECDH&nbsp;CHACHA20:EECDH&nbsp;CHACHA20-draft:EECDH&nbsp;AES128:RSA&nbsp;AES128:EECDH&nbsp;AES256:RSA&nbsp;AES256:EECDH&nbsp;3DES:RSA&nbsp;3DES:!MD5";&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ssl_protocols&nbsp;TLSv1&nbsp;TLSv1.1&nbsp;TLSv1.2;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ssl_prefer_server_ciphers&nbsp;on;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ssl_session_cache&nbsp;shared:SSL:10m;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;location&nbsp;/&nbsp;{&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;proxy_pass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;http://jupyter;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;proxy_set_header&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Host&nbsp;$host;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;}&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;location&nbsp;~&nbsp;/api/kernels/&nbsp;{&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;proxy_pass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;http://jupyter;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;proxy_set_header&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Host&nbsp;$host;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;#&nbsp;websocket&nbsp;support&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;proxy_http_version&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.1;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;proxy_set_header&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Upgrade&nbsp;"websocket";&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;proxy_set_header&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Connection&nbsp;"Upgrade";&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;proxy_read_timeout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;86400;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;}&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;location&nbsp;~&nbsp;/terminals/&nbsp;{&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;proxy_pass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;http://jupyter;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;proxy_set_header&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Host&nbsp;$host;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;#&nbsp;websocket&nbsp;support&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;proxy_http_version&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.1;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;proxy_set_header&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Upgrade&nbsp;"websocket";&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;proxy_set_header&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Connection&nbsp;"Upgrade";&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;proxy_read_timeout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;86400;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;}&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;access_log&nbsp;&nbsp;logs/jupyterlab_acc.log;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;error_log&nbsp;&nbsp;&nbsp;logs/jupyterlab_err.log;}

jupyter lab 启动的过程中，如果使用--config=~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py作为启动参数之一，会导致其他的 Conda 环境在 web 端消失，只剩下一个 Python 3 的 Notebook 和 Console，具体原因目前没搞明白。
jupyter lab --generate-config默认生成的配置文件位于~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py，目前不太清楚如何更改这个默认配置文件的路径。

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