想做一个简单的分组折线图，并添加误差棒，类似下面这样的：

用ggplot似乎很简单就能实现：ggplot+geom_errorbar+geom_line+geom_point，重点在于计算误差棒。

还是看示例数据吧：

Type是转录和蛋白两个组学，Region是某个组织的不同区域。想作如上图的样子，即不同区域在两个组学的折线图分布。

计算误差需要安装Rmisc包中的summarySE函数。

# summarySE 计算标准差和标准误差以及95%的置信区间.
library(Rmisc)
tgc <- summarySE(df2, measurevar="Abundance", groupvars=c("Type","Region"))

数据变成这样：

接下来就是作图了。

# 带有标准误差线的折线图
# Standard error of the mean
ggplot(tgc, aes(x=Region, y=Abundance, colour=Type)) +
  geom_errorbar(aes(ymin=Abundance-se, ymax=Abundance+se), width=.1) +
  geom_line() +
  geom_point()

得到警告：

图是这样的，线没有画出来。

查了下网上的答案：https://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51106089

它的数据形式几乎和我的一样，但是却能正常画出来。

我想了想，是不是分组变量Type和Region没设为因子，但是设了还是一样。

查了下错误，说是要映射group，令group=1。https://stackoverflow.com/questions/27082601/ggplot2-line-chart-gives-geom-path-each-group-consist-of-only-one-observation

我这里设置了两组，用group=1或2显然不行，于是将group映射到变量：

ggplot(tgc, aes(x=Region, y=Abundance, colour=Type, group=Type)) +
  geom_errorbar(aes(ymin=Abundance-se, ymax=Abundance+se), width=.1) +
  geom_line() +
  geom_point()

果然解决了

但我还是不明白，为啥网上的示例同样是两个分组变量，不用group也能做出来。